尼科·科瓦奇于1991/92赛季在当时还是乙级队的柏林赫塔开始足球生涯。
在1995/6赛季，他开始扮演攻击性角色，时常灵活向前突进并在35场比赛中攻入了11球。
1996年转会到勒沃库森，表现出色。在国家队中，1996年在同摩洛哥队的比赛中，首次在国家队中亮相。
1998年世界杯预选赛的主力，没有参加决赛阶段的比赛。在经历了首个完美的赛季后，他的状态却在接下来的两个赛季里大打折扣。他并未入选98法国世界杯；，并错过了克罗地亚队最辉煌的时刻。但科瓦奇并没有被失败吓倒，而是让自己的职业生涯重新步入正轨，他回到汉堡并恢复了信心和效力。重拾信心的他在55场比赛中攻入了12球，这对于防守中场来说是相当高的进球率，并首次在UEFA冠军联赛（Champions League）中出场。
1999年转会到汉堡。
2001年加盟拜仁慕尼黑，但受伤病困扰，且没有打上主力。在国家队向世人展示自我后，他决定接受职业生涯里最大的挑战之一，在2001/2赛季开始时签约拜仁慕尼黑队，再次与他的弟弟会合。“我无法拒绝挑战，尤其是距离世界杯只有几个月了，我不想错过”，他对那些警告他巴伐利亚（Bavarian）巨人球队竞争激烈的人如是说。在两个赛季中，他仅在德国足球甲级联赛中出场34次攻入了3球，而在UEFA冠军联赛中出场6次攻入了1球。但至少他在自己的荣誉簿上添加了一座德国杯（German cup）和一座丰田杯（Toyota Cup）。由于与法国队友比克森特·利扎拉祖（Bixente Lizarazu）的训练场打架丑闻，他被告知将被俱乐部扫地出门。
2002年日韩世界杯上他参加克罗地亚的所有三场比赛。
2003年6月，自由转会回到了柏林赫塔队。从德甲冠军队伍转会到第五名球队，这在尼科·科瓦奇看来并不是一件丢人的事，回到柏林赫塔队之后，科瓦奇迅速成为球队的中场核心，在拜仁锤炼了2个赛季后，让克罗地亚人积累了丰富的比赛经验，并且具备了领袖气质。
2004年欧锦赛预选赛时，在克罗地亚八场小组赛中出场五次，并在两场附加赛中登场。在同爱沙尼亚和安道尔的比赛中有两个进球。
2006年又自由转回到萨尔茨堡红牛俱乐部。尼科和罗伯特兄弟两人曾同时在勒沃库森效力。在转会到勒沃库森后，他首次与来自纽伦堡（Nuremberg）的弟弟罗伯特（Robert）进行了合作。带着新发现的信念，参加比赛的尼科迅速成为了俱乐部的重要球员，他也理所当然地在1996年11月11日与摩洛哥的比赛中首次代表国家队出战。
2013年10月17日，克罗地亚足协任命尼科·科瓦奇为克罗地亚国家队新领队，合约为期三年至2016年欧洲足球锦标赛决赛周为止。
北京时间2014年6月13日，克罗地亚主教练尼科·科瓦奇在新闻发布会上表达了对巴西世界杯揭幕赛比赛裁判判罚的失望态度。科瓦奇在接受采访时表情愤怒，对裁判西村雄一70分钟判罚点球的决定表达了强烈不满，“全世界200万在看球的球迷都知道那决不是一个犯规。这是无稽之谈！如果继续这样下去，我们接下来的比赛就会陷入一个死循环，那我们（克罗地亚队）不如现在就放弃接下来的比赛、打包回家。干脆打篮球去得了！”
2016年3月8日，据法兰克福官方宣布，来自克罗地亚的尼克-科瓦奇成为法兰克福新任主帅，双方签约至2017年。在解雇阿明-费后，法兰克福一直在寻找新帅，而据官方今天的消息，前克罗地亚国家队主帅尼克-科瓦奇将会成为法兰克福的新帅，他的兄弟罗伯特-科瓦奇将会成为助理教练。
