1、流程上的区别 ：财政直接支付直接上报财政局国库支付中心；财政授权支付需要先向
财政部申请财政授权支付用款额度。
2、指令签发方的区别：财政直接支付由财政部门向人民银行和代理银行签发支付指令；财政授权支付由预算单位按照财政部门的授权，自行向代理银行签发支付指令。
3、支出内容的区别：财政直接支付的支出包括工资支出、购买支出以及
转移支付等；财政授权支付的支出包括未实行财政直接支付的购买支出和零星支出等。
拓展资料：直接支付，
国库集中支付的方式之一。指预算单位按照部门预算和用款计划确定的资金用途，提出支付申请。经财政国库执行机构审核后由财政国库执行机构开出
支付令，送代理银行，通过国库单一账户体系中的财政零余额账户或财政专户，直接将财政性资金支付到收款人或用款单位账户。
授权支付，国库集中支付的方式之一。指预算单位按照部门预算和用款计划确定资金用途，根据财政部门授权，自行开具支付令送其代理银行，通过国库单一账户体系中的单位零余额账户，将财政性资金支付到收款人或用款单位账户。