菩提祖师最后去哪了，这是一个涉及到《西游记》故事情节的问题。
在《西游记》中，菩提祖师在孙悟空离开灵台方寸山时，曾给他留下一封信，说他有难时可以回来找他。所以，很多人认为菩提祖师最后回到方寸山，继续在山中修行。
然而，这只是其中一个可能的解释。实际上，菩提祖师在故事中是一个非常神秘的角色，他的真实身份和去向可能有很多种说法。
一种可能的解释是，他可能通过某种神秘的方式消失在世间，不再过问世间之事。
另一种可能的说法是，他可能通过某种神秘的修行，达到了超越凡人的境界，从而成为了一个不生不灭的存在。
无论菩提祖师最后去哪了，他都是一个令人敬畏和神秘的修行者，他的存在和教诲对孙悟空以及《西游记》中的其他角色都有着深远的影响。他的教导和法术都是非常高深的，即使在故事结束之后，也值得人们去思考和探索。