中国中医科学院在医学领域拥有众多重点学科，这些学科在2005年得到了国家中医药管理局的认可。该机构在当时设有13个国家中医药管理局重点学科建设点，分布在基础所、西苑医院、广安门医院、望京医院、眼科医院、针灸所、医史所以及中药所等多个院所，涵盖了中医内科、外科、骨伤科、眼科、针灸学以及中药研究等多个专业领域。
例如，中医内科血液病、心血管病、内分泌和肿瘤等在西苑医院和广安门医院分别设有研究团队，由知名专家如周霭祥、陈可冀、林兰、朴炳奎等人负责。中医外科肛肠和骨伤科在广安门医院也有深入研究，眼科医院则专注于中医眼科疾病的研究。针灸学在针灸所由邓良月、程莘农等专家进行深入探究，医史所和中药所则在中药药理和生药研究方面发挥重要作用，由李连达、姜廷良等专家领导。
这些重点学科在2004年底至2005年6月的中期考核中，全部顺利通过国家中医药管理局的严格评估，显示了中国中医科学院在中医领域深厚的研究实力和专业水平。
中国中医研究院（现在更名为中国中医科学院）成立于1955年，位于北京，是国家中医药管理局直属的集科研、医疗、教学为一体的综合性研究机构。中国中医研究院是中国规模最大、学科齐全、设备先进、科研力量雄厚的中医药研究机构，下设13个研究所、6所医院及研究生院、中医古籍出版社、中医杂志社等学术单位。