1、意思不同
大股东是指股票占比较大的股东，它表示该股东与其余的股东相比较，它的占比最大。控股股东一定是大股东，但大股东却并不一定是控股股东。
控股股东，是指其出资额占有限责任公司资本总额百分之五十以上或者其持有的股份占股份有限公司股本总额百分之五十以上的股东；出资额或者持有股份的比例虽然不足百分之五十，但依其出资额或者持有的股份所享有的表决权已足以对股东会、股东大会的决议产生重大影响的股东。
2、权利不同
股份有限公司的股东出席股东大会，所持每一股份有一表决权。股东大会作出决议，必须经出席会议的股东所持表决权的半数以上通过。股东大会对公司合并、分立或解散公司作出决议，必须经出席会议的股东所持表决权的2/3以上通过。修改公司章程必须经出席股东大会的股东所持表决权的2/3以上通过。
如果控股股东行使股东大会召集权、投票权和表决权时，如果违反法律规定和程序，那么其他股东可以在规定的时间内提起诉讼，要求撤销、变更和确认股东大会决议无效。
如果控股股东通过的股东大会决议无效，但控股股东已经实施并给上市公司造成损失的，上市公司董事会应当要求其赔偿损失，如果上市公司董事会、监事会不行施权利，其他股东可以提起股东代表诉讼，代表公司要求控股股东赔偿损失。
3、影响不同
控股股东必需是大股东，但大股东却不一定是控股股东，例如万科的大股东是华润集团，可是它的持股量却仅有17%上下，谈不上控股股东。
大股东是占有率最高的股东。而在股东大会中每持一份股就一份表决权。而大股东全部的股票最高，其表决的票数也愈多。因此大股东对合并、分立或是散伙企业有着重特大影响的，尽管没有明确的法律法规，可是这是客观事实存在。
参考资料：