回答这个问题前，我们先看一下w3techs每天更新的网站服务器Windows和Linux占比。
w3techs是一个广泛可靠的网络技术调查网站，网站的数据每天会进行更新。
除去unKnown的服务器外，Windows占比29.4%，Linux占比29.7%。这样看来可谓是平分秋色。但如果对网站再进一步细分，就会发现越是顶尖的网站，使用Windows的比例就越高。比如：TOP1000的网站，Windows占62.5%，Linux仅占18.1%。
从时间线上看，Linux的市场在占有率也出现了明显的下滑。
所以不要说服务器选择Windows操作系统是非主流，Windows操作系统不稳定之类的话。生态环境的不同造成Windows、Linux有很大的差别Windows需要付费使用并且依赖微软进行维护迭代的封闭生态系统，而Linux依赖众多开发者维系的开源生态系统。
这样概括可能很难区分Windows、Linux的优势和劣势在哪里，举例说明：一个初创的公司，根据业务的需求需要搭建网站。由于业务简单，免费的Linux变成了首选；大型互联网公司，需要开发底层框架，用于处理大量并发数据，并要求支持GPL协议，后续在GitHub上开源，给业界提供解决方案标准。
这时开源生态的Linux会是不二的选择；金融机构需要稳定的服务，同时能够提供及时的售后技术支持，这种情况下Windows明显要靠谱很多；
Windows的服务很不错，只要你愿意花钱，在出现任何问题的时候，微软都会很努力的解决问题。比如汤森路透这家金融公司，有一次在升级Mcafee的时候把Windows搞蓝屏了，打电话给微软，开了一个0级的维护单（0级的问题7X24小时，每小时都要做出相应，直到问题解决）。毫无疑问，这种快速解决问题的服务任谁都会满意，但Linux是很难享受到这种服务的。
Linux的优势在于服务器端的各种软件都是为它而设计，而它本身也是免费成熟的开源系统。Linux就像乐高玩具，给你各种各样的组件和一些基本构件的说明书，你可以完全自由的在上面发挥，完成自己想象中的作品。
但并不代表Linux不会出现任何问题，如果发现有高危漏洞：有补丁需要自己提心吊胆的去尝试升级，并没有商业支持；没有补丁，开源社区就会说你没有付钱给我们，我们没有义务给你发布补丁（有一些国内的安全机构认定高危漏洞，国外开源社区观点不同，不给补丁）。
总结从技术层面来讲，微软的Windows还是难以和Linux强大的开源生态世界匹敌。但微软的Windows解决方案是“一条龙”式的成套解决方案，节约了企业和开发者的“寻觅”时间，轻轻点击鼠标安装就可以了，而不需要花费大量的时间研究技术解决方案和技术门槛。
所以服务器系统是Windows好还是Linux好，这个还真不好说，黑猫、白猫能抓到老鼠都是好猫。怎么选，关键还是要从实际情况出发。
LINUX优点在于:
1.低成本，无论是服务器性能上的需求还是系统所需要的授权(事实上应当说大部分linux都是免费的)
2.高性能，在相同配置下，linux的性能完全可以强于win(仅仅是理论上的可以，而非绝对，原因后面讲)，事实上linux完全可以不依赖图形壳操作，所以减轻了相当大的负担，当然它也可以安装图形壳，根据不同需求安装不同图形壳也是其一亮点。更重要的是，其内核性能也是优于win的，处理速度会略快。
3.高模块化程度，你可以很方便地配置相当多的东西。譬如说你可以使用轻量化桌面环境(如xfce4，lxqt(de)，mate3等等来减轻负担)，也可以选择重量级(如CDE，KDE，GNOME)来获取更好的操作体验。此外社区的很多方案可以帮你解决很多问题。
4.开源程度高，高度安全，而且病毒少。
WIN的优点:
1.简单化，优秀的图形壳不仅赏心悦目而且能实际降低操作门槛。
2.优秀的软件生态，你得以使用大量软件，这点相当重要。win下的相当多的软件，在linux下往往需要重新编译或者使用wine等方案。这也是相当重要的关键因素。
3.优良的售后，几乎所有问题都可以被快速解决。
在这里我们就不谈缺点了，谈缺点总会有人指指点点。而且分析出优点就足以评判两者了。
综上，从理论上来谈，linux更加自由化，相对而言更加安全。win则偏向于专业化方案，以及更好的操作。
再谈谈实际，在国内大家可能会发现电脑基本都是win，但是事实上有相当多盗版，很多云服厂商都给盗版系统。但是在国外，尤其是开发者，对版权相当在乎，因此你会发现大部分小企业，都不会选择win，因为高昂的服务器系统价格。而大企业，可能更在意专业化方案与便捷低廉的操作成本。因此可能会更喜欢选用win。而还有一些企业或部门，追求高安全，会选择linux，譬如说中国的国防部就使用银河麒麟(国产linux)，一些央企也要求使用UOS(国产linux)来代替win。
再谈谈我的个人感受。我个人经常开游戏服务器(mcbe)，最直观的体现就是，mcbe几乎没有适用于linux的插件加载器。要知道mc也是相当受欢迎的游戏，结果linux下插件加载器却几乎没有，即使有也没有较完整的生态。反倒是win环境下是百花齐放。由此可见win的生态优势之强大。从理论性能上来讲，win是弱于linux的，笔者本人用的是阿里云的2c2g服务器，笔者测试了linux(ubuntu1804)环境下的插件服务器与win(server2019)的插件服务器(linux下使用wine来实现插件注入)，win可以承担15-20人，而linux在没有图形壳的环境下都只能承担10-18人，当然，这主要是由于使用了wine。但是就算不使用wine，两者均使用纯净服务端(无插件加载器，mojang提供了win和linux的纯净服务端)，在这种情况下，linux的表现也并未高于win多少，这是由于mojang对win版本进行了更好的优化。由此可见，在linux贫乏的生态下，win尽管本身占用更大，却能优于win。因此笔者更推荐在使用没有专门对于linux开发的服务端时，更应该使用win。