一、性质不同
在职研究生：是硕士学位的一种报考方法。
非全日制：是属于硕士学位的一种类型。
二、报名条件不同
在职研究生：大专及以上学历都能报名，有的对工作经历没有要求;
非全日制：对报名人员的要求较高，对工作经历有严格要求，绝大多数非全日制还要求在职人员报考需经过所在单位或相应管理部门的赞同，有的要求所在单位推荐。
三、报考方法不同
在职研究生：除了非全日制，还有同等学历申硕、中外合作办学硕士、高级研修班等。
非全日制：是在职研究生的一种报考方法。
四、入学方式不同
在职研究生：可以参与入学考试，也可以不参与入学考试;选同等学力申硕，是先入学后考试;非全日制是先考试后入学;
非全日制：先考试后入学，难度较大。
五、证书不同
在职研究生：可以有研究生学历证和学位证，也可以只有研究生学位证，此外还有国外硕士学位证，具体要看报名者的方式;
非全日制：毕业后，能拿到硕士学历证和学位证。
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