赤井秀一死于水无怜奈（本堂瑛海）的枪下(File.608-609 TV504)，不过相当一部分人认为他还活着。 后来出现了一个奇怪的大学生冲矢昴（File.622-624），多数人怀疑他就是赤井秀一。
而后，青山大叔也不负众望，在漫画中令赤井秀一『复活』了（详细请见漫画第677话）！与之前有所不同的是，他的右脸上留下一块烧伤的疤。疑是在当时他的汽车在爆炸时被烧伤的。然而多数人认为这个『秀一』是假秀一。目前FBI、黑衣组织和柯南都注意到了『复活的秀一』，并分别展开调查。FILE679中最后举枪的赤井秀一是用右手开的枪，虽然这与他左撇子的特点不符。但是，请注意，当时的情况对于赤井这种绝顶高手来说简直是轻而易举，而且，正如武侠小说中高手双手一样厉害，如果只会一只手射击，这无疑是一大漏洞（如小李飞刀中的荆无命），很容易被敌人抓住弱点，所以，不能因为没用左手开枪就否认赤井真实性。
赤井秀一喜欢喝Bourbon酒，（漫画677中）和茱蒂在一起的FBI搜查官卡迈尔说了：“这也是他最喜欢的酒。”
假设秀一真的被水无杀死了,秀一想向组织证明水无不是卧底,所以只身前往,但这么做只会使水无是卧底这个嫌疑变得更大.因为如果水无不是卧底,是真的组织一员,那么秀一他们是失手让她逃了,如果再次见面,秀一就不可能那么轻松答应她见面的要求而且还真的一个人跑过来,如果是VODKA对他说:我天天被GIN骂笨蛋,不想再在组织里呆下去了,以组织的情报作为交换条件,你帮我脱离组织.秀一会相信吗?就算为了组织情报也不可能连件防弹衣连把枪都不带就跑去跟人家见面吧?
所以如果我是GIN,看到秀一真的一个人过来了,就能想到水无是卧底的可能性很大!而且还能把秀一给灭了,水无的身份也能确定,这么一箭双雕的妙计GIN没有理由不做. 再说，秀一是什么人哪，被GIN称为“银色子弹”啊，说要灭掉，那么容易？
所以我想既然秀一那么聪明冷静，不可能想不到自己过去产生的反效果吧~(虽然他嘴巴上说不去水无有危险，但实际上去了水无更危险)那他为什么还要去呢?这一去不但增加水无的危险，自己也有可能丧命，恩恩~能想到的只有一点，那就是他不惜让水无的处境更危险，也要达到一个目的，这个目的只能是:让自己从这个世界上消失。因此这个消失必定是假的。他估计想借此隐藏自己让组织松懈，再暗中调查。所以他应该会去易容改名换姓变成另外一个人之后再调查。
另一方面，秀一知道水无是卧底。那么水无在电话里对他说"我在组织里呆不下去了想脱离组织"这句肯定是个圈套.水无并不是在自己的意志下打电话告诉他,而是被强迫的——为了灭秀一.所以秀一自己跑过去就是让他们把自己灭掉,秀一在知道这点的情况下还过去说明他肯定是早已准备好诈死~!
回到最开始:
GIN一想就想到:秀一让组织那么容易就得到水无,肯定有问题.
那么GIN怎么可能想不到:那么厉害的秀一这么简单就被水无杀掉了,肯定有问题.
首先赤井和柯南的作战计划还是太简单了,目的是让组织以为他们得手了,所以有点为了这个目的,故意放走水无的迹象太明显.虽然设了个陷阱给组织,可是陷阱太小,明显是故意让组织抢过去.既然73已经把这篇都画完了我也不能说什么了,但是他们真的应该想个复杂点的作战计划,而且最好是成功转移水无,让水无在之后的那家医院里被抢走也不迟.或者至少在转移过程中,赤井得出现啊,
所以赤井的那个计划根本是让水无以后在组织里没法呆下去.如果赤井够聪明,他应该能考虑到GIN的疑虑,所以他还这么做根本是为自己之后的消失做铺垫.他估计料到了,水无之后回去会被怀疑,然后会被要求杀他而表明自己的清白。也许他本来的打算就是让自己消失，所以就算水无更被怀疑也无所谓。
因此也许水无杀死秀一这场戏也在秀一的计算范围之内，他让水无对着自己的帽子开抢，可能他的帽子其实是防弹帽(要不然干吗一天到晚戴着),然后弄点血什么的在屏幕下看起来应该能蒙混过去。而且就算组织不要求水无杀死秀一,水无可能也会自动要求为了证明自己的清白可以完成一个大任务之类的话,那么组织当然就想到夙敌赤井啦.
而且柯南之后想也没想就看了序列号,应该就是确认计划是否成功.
PS:在第508集最后柯南与本堂瑛佑的对话中，本堂瑛佑说FBI好像有人死了，不过你没听说就应该没事，而柯南自信的一笑，心想到：嗯，没事。身后背景还出现了秀一，看来秀一的“死”是他与柯南的计划。
赤井当然是不可能死的，在动画中镜头并不清晰，肺部中弹貌似并不难受，没有爆头瞬间，躺下去没看到弹孔，嘴角血迹不见了，柯南的手机会有楠田的指纹，楠天尸体完整保留，再有柯南那最后一笑.......怎么都像是柯南秀一早有预谋的，只是水无没想到会那么简单就成功。
看了漫画409话，发现了几个问题：
（1）赤井的尸体（如果是的的话）最终是被炸掉了的
（2）赤井首先是开到了约会地点的前面
（3）手机上的指纹
（4）尸体的几个疑点
回忆一下600回左右的漫画，我们可以记起几个细节（伏笔）：
（1）柯南用手机测试出谁是黑暗组织派来到医院监视水无的人，并发现楠田的病是装出来的
（2）楠田的身份被发现后，扬言有炸弹，而最终却没有炸弹，是用枪自杀的（全尸被保留在FBI手中），并且他也碰过那个手机
从这几点我们基本上可以猜出，被炸掉的尸体不是赤井，而是楠田
还有柯南在609话最后讲的几句话：
“……序列号改变了……”
有几个含义，首先是在前一个案件中的凶手看起来是一个外国人，而并不懂英文，柯南用类似的话暗示了judy老师；而在这里，柯南所说的序列号改变了的意思就是指：即使外表看起来是相同的，而并不是相同的人了，说明他已经知道被炸死的“赤井”并不是赤井本人，因为就像这个外表看来相同的手机……
从另一方面看：
在第58卷中，大家已经看到了计画的前半部分
即：把瑛海送回组织
不过在这之后，还有一个问题
组织还会信任那么容易回来的水无吗？
所以，产生了下一步
让她当着组织的面干不利于FBI的事
那么最好的取信办法就是除掉赤井
不出所料（赤井之前就说：“我本来就想这么说）组织派下了这个任务
之后由FBI与CIA主演的好戏就开场了
赤井吗 当然是没事滴
最最最有力的证据就是
瑛海在赤井头旁放置炸弹时赤井的头
由原来歪向一边到正了过来
嘴角的血迹也无影无踪了！
这不是换尸是啥？
在这之前
赤井这个一惯的左撇子
用右手拿走了柯南的手机
而后的鉴定也是靠手机上的指纹
但这并不是说那人就是赤井
之前也在手机上留下指纹的人中
可以被利用演这出戏的人有一个
楠田陆道
关于爆头的一幕
我除了用 防弹帽 血袋 钢板（防子弹过强的力道）以外
好像也想不出有其它啥招
对水无的枪是有个能看的图
不过我不熟枪，不知道能不能做手脚
还有换尸那速度
真快的是没话说了
赤井对这事早有准备
毕竟这事“看上去就是个陷阱”
所以有一点我注意到了
赤井赴会时是从反向到达的
这不仅是勘察四周环境
还使行动时琴酒视线被车挡住
只能依靠射像头
这使计划成功几率大大增加
事情成功结束以后
赤井消失，冲矢出现
两人的相似度惊人的高
左撇子 ，推理能力强，抗打？or行动力？极佳
冲矢=赤井是很可能的
但也不排除是波本的可能
总之应该是其中一个
没解决的问题
1怎么换尸的！！！（尸体车里就有，人往哪跑？）
2柯南对冲矢信任吗？（信任，住自个家！；不信任，金一哪来的？）
3小哀感到的组织气息是谁的？
4.FBI的人会不在乎生命的可贵么？他们怎么会让人代替秀一死呢？
柯南的反应
在621话中，本堂瑛佑告诉柯南FBI好像有什么人死了。柯南听到后露出了一个意味深长的笑，然后说了一句：是不要紧。这个笑容让我觉得秀一的死是他和柯南一开始就计划好了。之所以瞒着Judie和James，可能是因为赤井觉察到FBI中有内奸，而且装出来的感情和真实感情比起来相差甚远。当Vermouth看到Judie难过的样子，组织才会容易相信秀一已死，这样水无也会更容易让组织信任。就像之前将水无交还给组织的时候，事先也没让Judie知道。 否则作为同一战线的战友，柯南的反应也就太过冷漠，毕竟在FBI中秀一，Judie，James和卡迈尔都是他熟识的人，起码的着急没有。所以从这一点看来，赤井秀一可能没死。
在609话中，柯南察觉到了自己手机被换过了。漫画上柯南镜片反光，很明显的表现了人物复杂的心理状态。他是不忍Judie伤心，想告诉他真相，但他又担心组织不会放手，他的表情很好地表示了他知道秀一没死。
尸体的指纹
在609话中，警视厅的指纹对比只是显示了尸体的指纹与柯南手机上有一个人的指纹一样，但不是说的就是秀一的指纹。只是由于秀一曾经碰过柯南的手机，让其他人认为那个上面留有秀一的指纹。但不要忘了，FBI手里还有一个人的尸体，这就是混入医院的组织成员的楠田陆道。这个人的指纹也出现在柯南的手机上。我们完全可以猜测，真正出现在爆炸中的尸体可能是事先放在车内的楠田陆道的尸体。
秀一的车
秀一特意反方向开车来到约定地点，只有这样才能把车停到栏杆那侧而不引起怀疑。由于驾驶室在左侧，如果紧靠栏杆停车，左边的车门就会被挡住，从右边下车也就十分自然。下车后赤井没有关右边的车门可能是为后面做准备。
水无的车
水无的车也是反向的。 这可能是方便秀一在枪击后能迅速到水无的车子里，同时也为方便离开现场而特意为之。
水无的监视器
第二枪之后，水无将视线转移到别处设置炸弹，秀一则趁机拖出事先准备好伪装成自己、上衣装有柯南手机的尸体。仔细观察，最初秀一嘴角有血迹，水无放炸弹时尸体嘴角血迹消失。这如果不是作者的大意，那何尝不是一条线索？接着秀一低着身子钻进基尔的车的后部藏好。这也就是赤井的车要正对基尔的车，且门开的方向要背向对面的保时捷的原因。然后警察赶到，并非在开枪后马上到，GIN也来不及再确认尸体是不是秀一，这样便完成了。
参考资料：http://baike.baidu.com/view/62739.htm