化石记录
美国芝加哥《实地博物馆馆报》说：“达尔文的理论一直被认为跟化石证据有密切关系。一般人也可能以为，支持达尔文的生物演化过程的论据，主要来自化石。可惜，这个看法不大正确。无论当时还是现在找到的地质记录，都不能证明生物是通过一连串缓慢而渐进的过程逐步进化的。物种在生物史上都是十分突然出现的，在纪录上全无改变的迹象，或者只有很少，然后就在纪录上忽地消失了。此外，下一代是否真的比上一代更加适应环境，也往往不很清楚，而事实上很少是清楚的。换言之，生物结构上的进步是很希罕的。”（第50卷，第1号，22-23页)
脊椎动物学家哈劳·哥芬（Harold Coffin）说：“显然曾有很多的适应发生，但这种适应的改变有没有实际使一大族类的生物进化为另一族类呢？来自科学的证据并不支持这样的改变。”
自然科学家约翰·摩尔摩尔（Moore）教授说: “绝对没有任何实验的例证表现曾有一种动物变成另一种，或有一种植物变成另一种。以健全的科学方法促成而可被适当地列为改变的唯一证据仅限于在一类或一族动物范围之内或在一类或一族植物范围之内所发生的遗传变易。”
研究人员常用某些化石记录来证明进化论的真确性，但就算是这些化石记录也常常引起争议。比如说，谈到鱼和两栖动物的化石，生物学家马尔科姆·戈登（Malcolm S. Gordon）说，所找到的化石代表性不足，“不大可能反映那些年代这两类生物的多样性。我们无法知道化石显示的生物彼此有没有关系，跟后来出现的生物又有没有关系。”——《Biology and Philosophy》，340页
“拿出一系列化石，声称化石所显示的生物有亲缘关系，这不是个能验证的科学假设，而是个一厢情愿的说法，其可信程度相当于床边故事，虽然动听，也许还有点教育意义，却并不符合科学。”——《探索远古年代——放下化石记录，走向新的生命史》116-117页，亨利·吉着（Henry Gee）
科学家希钦（Francis Hitching）写道：“你若找寻各大类动物之间的连系，就会发觉根本没有这种连系存在。令人出奇的，就是化石漏洞很有规律：在所有要紧的环节上都缺掉化石。”——《长颈鹿的脖子》
查考过化石记录所提出的证据后，生物学家乔纳森·威尔斯（Jonathan Wells）写道：“以界、门、纲的层面来说，生物有共同祖先并逐渐进化显然不是 科学家凭观察所得的事实。从化石记录和分子结构所提出的证据看来，进化论是站不住脚的。”
遗传学家斯特宾斯（Stebbins）写道：“目前各主门动植物之间并无过渡类型。各大类有机体之间存在着一个个深沟”。《生物进化的过程》, 147页。“事实上，”《新编进化时间表》说，“化石纪录在不同物种之间连一个确确凿凿的过渡连环也不能够提供出来。”
突变
《美国百科全书》承认：“事实上，大部分基因突变对有机体都产生破坏作用。进化的突变理论却认为，这个过程能产生进化所需的原料。看来事实跟理论颇难协调。其实，生物学课本展示的突变异种都是些畸形的怪物。突变的结果看来是破坏，而不是建设。”（第10卷，742页）
科学家从百年的突变研究和七十年的诱变育种却收集到不少数据，足以就突变能否产生新物种一事作出结论。德国马克斯－普朗克植物培育研究所的科学家沃尔夫－埃克哈德•伦尼希（Wolf-Ekkehard Lönnig）查考过证据后，得出以下的结论：“突变不能把原有物种变成另一个全新的物种。不同物种有不同基因，界限分明。物种之间确实存有界线，是意外的突变不能除去，无法逾越的。”
实情正如约翰•穆尔（John N. Moore）教授所说：“根据十分严谨的研究和分析，如果武断地声称基因突变是涉及天然选择的任何进化过程的原料，那就是信口雌黄了。” ——《On Chromosomes, Mutations, and Phylogeny》
复杂器官的起源
达尔文说：“如果人能够证明现存的任何复杂器官，根本不可能从许多连续不断的微小变动而形成，我的理论就完全站不住脚了。”——（《物种起源》，154页）
比如说，进化论主张眼睛一定是由于早期组织长出的东西，经过逐渐累积的变化而形成。但是，在演变的每一个环节中，要是没有一些有价值的自然改良，眼睛就不可能形成。简单来说，在理论上，眼睛是不可能进化而来的，因为进化论主张眼睛是这样形成的：有一系列漫长的随机变化，这些变化会遗传给下一代，而每一次 的变化都使生物更适于生存。
眼睛只能够以整体运作。因此，在进化的缓慢渐进的过程里，眼睛是无法独立运作的。眼睛只有在各组成部分结合起来后，才能运作。
正如生物化学家迈克尔·贝赫（Michael Behe）说：“自然选择——达尔文进化论的根据——只在有选择的情况下才说得通，而所选择的，是对当时适用，不是对未来适用。”
法国科学作家菲利普•尚邦（Philippe Chambon）指出：“达尔文自己也不明白，生命形式还没有完全发挥功用以前怎样自然选择。关于进化论的种种疑团看来没完没了。今天生物学家不得不谦卑地承认，进化论这个虚构的理论无法恰当地解释复杂器官的起源。”
“在追寻生命的起源方面，人只要不总是向着非智力的方面入手，就会作出一个直截了当的结论：很多生物化学系统都是设计出来的。设计这些系统的并不是自然律则，不是机遇，也不是必然性；相反，这些系统是被组织起来的。地球上的生物从最基本到最关键的组分，都是有智慧活动的产物。”——《达尔文所遗下的疑团》。