甲状腺科
中医专家诊疗中心，现有主任医师和副主任医师。 中医专家诊疗中心获军队科技进步二等奖1项，军队医疗成果二等奖1项，中华中医药学会科技二等奖1项，获军队科技进步四等奖10项，获国家专利4项，发表国际杂志4篇，国家级杂志100余篇，开展新业务、新技术30余项。“甲状腺疾病中西医结合治疗”的模式就独树一帜，经过几代人的努力，现已响誉省内外。
普外科
福州市第六医院普外科技术力量雄厚，医生梯次合理，是一个以肝胆疾病及胃肠道肿瘤为特色的专科。在福州地区率先开展腹腔镜胆囊切除术，至今已万余例，成功率达99.9%。擅长电子胆道镜下复杂肝内外胆管结石根治性治疗；肝、胆、肠疾病，重症胰腺炎的微创治疗；肝脏各部位肿瘤、胃癌、大肠癌及乳腺癌、甲状腺肿瘤、烧伤整形等综合性治疗。
心血管内科
该科医疗设备先进、技术力量雄厚、诊疗管理规范。常规开展心脏导管检查、人工心脏起搏器安装、冠状动脉腔内成形术及冠脉内支架植入术，在冠心病心肌梗死、顽固性高血压、重症心肌炎、心力衰竭等方面具有较高的抢救成功率及临床治愈率。
内分泌科
拥有多名经验丰富的高年资高学历医师，对内分泌科疑难、危重病人的抢救和治疗有独到的手段，尤其是糖尿病足病的诊治，在福州地区率先开展了人工“逐步清创法”、生物蛆虫清创法等技术，糖尿病足病截肢率控制在6-8%，远低于14%的平均水平。
肿瘤血液科
长期从事各类肿瘤及血液病的综合治疗研究。开展了激光光动力治疗、高能聚焦超声治疗、大容量灌注热胸腹腔化疗、巨大肿瘤介入治疗、肝内无水酒精注射治疗、微波治疗、造血干细胞移植治疗各类化疗敏感肿瘤、脐血输注治疗重型再生障碍性贫血、白血病患者经系统规范的治疗及干细胞支持的大剂量化疗，疗效显著。
口腔科
口腔科是一个综合性科室。设有合页面外科、口腔内科、口腔修复科、口腔正畸科、先后成立了义齿制作中心、成人牙列不齐快速矫正中心、出国人员口腔保健中心、残根残冠及松动牙保留治疗中心。
