圣约翰大学创建于1879年9月1日，原名是圣约翰书院，是由美国圣公会上海主教施约瑟(S. J. Sekoresehewsky)将原来的两所圣公会学校培雅书院和度恩书院合并而成，在沪西梵皇渡购地兴办。于4月14日破土动工，9月1日开学招入第一期学生。办学初期设西学、国学和神学三门，上海方言授课，1881年学校的英语老师卜舫济牧师（F. L. Hawks Pott）开始完全用英语授课，这是中国首个全英语授课的学校。1888年6月，年轻的卜舫济出任校长，此后主持圣约翰校务长达52年之久，对圣约翰的发展起到了很大的影响。
1892年起学校正式开设大学课程，并且将英语作为最重要的学科教授。1896年学校形成文理科、医科、神学科及预科的教学格局，为沪上唯一高等学府，对东南地区高等教育的改革产生深远影响。1905年，学校成为正式的大学，并在美国华盛顿州注册，大学设文学院、理学院、医学院、神学院四所大学学院以及一所附属预科学校，成为获得美国政府认可的在华教会学校。此时的圣约翰已经初具规模，拥有了一座1884年美国纽约克拉克逊女士巨额资助兴建的教堂，后经重建成为该校礼堂兼圣公会教堂（80年代末该教堂被拆除后改建为华东政法学院图书馆），一座1894年建造的以创办人名字命名的中国式教学楼“怀施堂”（90年代初该堂改称“韬奋楼”）和另一座1903年用庚子赔款所建起来的“思颜堂”（纪念学校的第二任校长中国籍牧师颜永京先生）。1913年，圣约翰大学又开始招收研究生，1936年开始招收女生，后来发展成为一所拥有六个学院（文学院、理学院、医学院、工学院、神学院、农学院）十六个系的综合性教会大学，是当时上海乃至全中国最优秀的大学之一，入读者许多多是政商名流的后代或富家子弟，而且拥有很浓厚的教会背景。学校直到1947年才向国民政府注册。
创办之初
圣约翰大学是近代中国著名的教会大学之一，原为圣约翰书院，由美国圣公会主教施约瑟1877年开始筹建，1879年正式开学。 最初，为了吸引学生和扩大影响，该学校免收学杂费，而且免费提供住宿和其它生活用品。1888年圣公会传教士卜舫济开始担任校长，直到1942年退休。
学校最初设国文和神学两部，1880年设医学部，1881年设英文部。在教学特色上，该校尤其重视英文学习，是学生的必修课，而且课堂大部分用英文授课。由于该大学的学生英文水平在全国是最好的，因此受到用人单位的欢迎。
1896年，圣约翰书院经改组、扩建，成立由文理、医学和神学三科组成的大学部。20世纪后，圣约翰大学在提高教学质量，扩大办学规模方面了很大努力，先后建成文学院、理学院、医学院、神学院四个相对独立的学院。1906年以后，它的毕业生还可以进入美国的大学深造，所以吸引了大批学生。1923年增设土木工程学院。20世纪40年代中期，圣约翰大学的规模又进一步发展。
“六三”爱国壮举
1925年，五卅惨案在上海爆发，各界纷纷走上街头。圣约翰大学及附中的师生也组织罢课抗议，但遭到校方阻挠。于是6月3日，学生553人以及全体华籍教师19人，集体宣誓脱离圣约翰大学，10余名应届大学毕业生声明不接受圣约翰大学颁发的毕业文凭。这一日便定为光华大学的校庆日。6月4日，离校学生教师集会商议自行设校事宜，他们的举动受到社会各界和学生家长们的支持，出钱出地；连张学良将军都表示“事出爱国热忱，鄙人无不竭力援助”，愿捐出巨款，助光华一臂之力。经过各方协助，在短短三个月内就成立了新的“光华大学”，其1951年10月与大夏大学合并组建华东师范大学。
解放初期，约大师生为纪念1925年该校的“六三”爱国壮举，将校园内的斐蔚堂改名为“六三楼”。1998年大修后改为行政办公用房。
解放后
1950年12月，圣约翰大学正式宣布与美国圣公会脱离关系。1952年在全国院系调整中被拆散并入上海多所高校。原校址所在地是华东政法大学长宁校区，地址是上海万航渡路1575号。
1949年前，圣约翰大学农学院停办，部分学生转入金陵大学和岭南大学的农学院。解放后，圣约翰大学被分拆的详细情况如下：1949年～1952年圣约翰大学新闻系、外文系、中文系（部分）并入复旦大学。1951年圣约翰大学土木工程系、建筑工程系并入同济大学。1952年圣约翰大学机械工程系并入交通大学；圣约翰大学经济系并入上海财政经济学院（今上海财经大学）；圣约翰大学政治系并入华东政法学院（今华东政法大学）；圣约翰大学理学院（数学系、物理系、化学系、生物系）、教育系、中文系（部分）并入华东师范大学；圣约翰大学医学院参与组建上海第二医学院，后更名为上海第二医科大学（今上海交通大学医学院）；取消神学院，学生转入南京的宗教学校；圣约翰大学附中与大同大学附中二院合并为上海市五四中学。
