区划沿革 1996年4月机构改革中，9个区工委、指导组撤销。 同年，撤销平东乡，设立平东镇；撤销新联乡，设立新联镇；撤销正场乡，设立正场镇；北兴桥乡，北兴桥镇。
2000年全市行政区划再次调整，原49个乡镇撤并为26个， 实行镇管村体制： 撤销金沙镇、金西乡、金乐乡、金余乡，合并设立金沙镇，镇政府驻金沙。 撤销石港镇、石南乡、五窑乡，合并设立石港镇，镇政府驻石港。 撤销平潮镇、新坝乡，合并设立平潮镇，镇政府驻平潮。 撤销十总镇、二爻乡，合并设立十总镇。镇政府驻十总。 撤销三余镇、忠义乡，合并设立三余镇，镇政府驻三余。 撤销二甲镇、袁灶乡、余西乡、金北乡，合并设立二甲镇，镇政府驻二甲。 撤销平东镇、赵甸乡，合并设立平东镇，镇政府驻新三十里。 撤销刘桥镇、英雄乡，合并设立刘桥镇，镇政府驻刘桥。 撤销兴仁镇、横港乡，合并设立兴仁镇，镇政府驻兴仁。 撤销五甲乡、庆丰乡，合并设立五甲镇，镇政府驻白龙庙。 撤销东社乡、唐洪乡，合并设立东社镇，镇政府驻东社。 撤销北兴桥镇、恒兴乡，合并设立北兴桥镇，镇政府驻北兴桥。 撤销姜灶镇、正场镇，合并设立姜灶镇，镇政府驻姜灶。 撤销川港镇、南兴乡，合并设立川港镇，镇政府驻川港。 撤销五接乡、李港乡，合并设立五接镇，镇政府驻五接桥。 撤销骑岸镇、五总乡，合并设立骑岸镇，镇政府驻骑岸。 撤销西亭镇、纱场乡，合并设立西亭镇，镇政府驻西亭。 撤销海晏乡、东余乡，合并设立海晏镇，镇政府驻海晏。 2001年，撤销竹行乡，设立竹行镇。同年4月，观音山、小海、竹行3镇和市良种场、种畜场划归南通市区，通州市行政区域内的南通农场（省属）和东方红农场（省属）也划入南通市区范围。
2002年末，全市辖23个建制镇，3个街道办事处， 376个行政村，52个社区，5个农场。
2005年，新设北兴桥、三门闸、五接、李港、海晏5个社区居民委员会，全市有23个建制镇，4个街道办事处， 376个行政村，57个社区，5个农场，总面积1351平方公里，总人口126.25万人。
2006年，石港镇金庄村并入金庄社区，刘桥镇凤仙村并入刘桥社区；三余镇设立五甲苴社区。年末，全市有23个建制镇，4个街道办事处，374个行政村，58个社区，5个农场。总面积1351平方公里，总人口125.64万人。
2007年2月，经省政府批准，北兴桥镇、海晏镇与三余镇合并设立新的三余镇；新联镇与刘桥镇合并设立新的刘桥镇。同年，撤销石港镇石西村和渔湾村，设立渔湾、石西社区居民委员会。年末，全市共设20个建制镇，4个街道办事处，372个行政村，60个社区，5个农场。
2008年2月3日，经省政府批准，川港镇与姜灶镇合并设立川姜镇。同时，原川港镇所辖八字桥、安东、南兴、大成、保通、通海、竖积洪、培德村整建制划归张芝山镇管辖；原姜灶镇所辖董家埭、利民、周照港、正场、民平村整建制划归先锋镇管辖。2月21日，全市进行村（社区）合并调整，原376个行政村、58个社区合并调整为207个行政村、63个社区。12月，撤销三余镇团结社区居民委员会，建立滨海工业区团结社区居民委员会。年末，全市共设19个建制镇，1个省级经济开发区，4个街道办事处，207个行政村，63个社区，5个农场。总面积1525.74平方公里，其中陆地面积1351.50平方公里。
2009年3月和4月，苏通大桥工业区、通州滨海工业区分别更名为“苏通大桥科技产业园”和“通州滨海新区”。 年末，全区共设19个建制镇，1个省级经济开发区，4个街道办事处，207个行政村，63个社区，5个农场。
2011年9月30日，经省人民政府批准，通州经济技术开发区更名为“南通高新技术产业开发区”。
2012年3月20日，南通市人民政府决定（通政发[2012]31号文件），通州滨海新区、三余镇由南通滨海园区代管，行政区域仍隶属通州区。2012年末，全区设19个镇，1个高新技术产业开发区，4个街道办事处，207个村，63个社区，5个农场。户籍总人口125.73万人。 区人民政府驻金沙镇朝霞路88号。
2015年3月，根据《省政府关于调整南通市通州区部分行政区划的批复》（苏政复〔2015〕22号），通州区部分行政区划调整如下： 撤销金沙镇。以原金沙镇东市、南山、新村、虹南、虹西、北山、朝阳、新市、安康、育才10个居委会和进鲜港、虹西、城东、新三园、金北、太山、平桥镇、港北、金余9个村委会区域，设立金沙街道办事处。街道办事处驻南山居委会大庆路10号。 撤销先锋镇。以原先锋镇三圩头、苏家埭、花园、十六里墩、永安、秦家埭、周圩、双盟8个村委会区域，设立先锋街道办事处。街道办事处驻秦家埭村委会。 将原金沙镇金南、八角亭、镇南、金乐、碧堂庙、金桥、果园、华山8个居委会和三姓街、狮子桥、花家渡、界北、文山、油榨、张门、邢园、元帅庙、通灵桥10个村委会区域与原先锋镇利民、正场、民平3个村委会，以及二甲镇进东、麒麟桥2个村委会，川姜镇双池头、复兴、朝东圩、夏四店、大石桥、金普6个村委会区域合并，设立金新街道办事处。街道办事处驻油榨村金乐街8号。 撤销兴东镇。以原兴东镇行政区域设立兴东街道办事处，街道办事处驻机场新村居委会解放路88号。 撤销平潮镇、平东镇，设立新的平潮镇。镇人民政府驻栖凤居委会建设路38号。 撤销十总镇、骑岸镇，设立新的十总镇。镇人民政府驻十总居委会春桃街158号。 撤销东社镇、五甲镇，设立新的东社镇。镇人民政府驻东社居委会。 撤销兴仁镇、四安镇。将原兴仁镇行政区域与原四安镇徐家桥、戚家桥、阚庵东、温桥、韩家坝、阚家庵6个村委会和酒店居委会区域合并，设立新的兴仁镇，镇人民政府驻兴仁居委会金通公路3168号。将原四安镇九总渡、龙坝2个村委会划归西亭镇管辖。 行政区划调整后，通州区人民政府驻金新街道朝霞路88号。 南通市通州区行政区划（截至2015年3月25日）乡镇面积（平方千米）人口（万人）居委会（个）村委会（个）街道金沙街道66.2213.04109金新街道101.812.39821兴东街道30.463.2119先锋街道26.543.6208镇西亭镇69.85.5629张芝山镇50.85.4缺缺川姜镇49.865.8214二甲镇66.017.12 57东社镇115.089.32516三余镇79.47.2缺缺十总镇133.178.41515刘桥镇105.087.6缺缺兴仁镇39.24.5316五接镇38.753.9缺缺石港镇1097.01缺缺平潮镇109.612.2620注：参考资料
