南航的飞机都在T2登机,首都机场是根据航空公司划分航站的。
一号航站楼
1号航站楼于1980年1月1日启用, 有十个登机口,规模相对较小。直到1999年,是北京首都国际机场唯一的一座航站楼。在2号航站楼开放之后,1号航站楼随后关闭翻新。1号航站楼在2004年9月20日重新开放,专门为中国南方航空公司和厦门航空的国内航班使用(两公司的国际航班仍在2号航站楼)。2008年1号航站再次关闭改造。中国南方航空和厦门航空搬迁往2号航站楼。2008年6月27日起,海南航空转场1号航站楼,1号航站楼将成为海南航空集团国内航班的专用航站楼(包括海南航空、大新华航空、大新华快运、金鹿航空、天津航空)。
二号航站楼
T2航站楼2号航站楼于1999年11月1日投入使用。2号航站楼比1号航站楼大得多。可以同时处理20架飞机的停靠。这座航站楼在1号航站楼翻新期间取代了其功能。2号航站楼同时承担国内及国际航班的服务。1、2号航站楼之间有一个乘客通道连接,通道中有数段自动传送带能减轻过长的距离对旅客带来的疲劳感。
在北京首都国际机场3号航站楼投入使用后,2号航站楼一部分航空公司航班2008年2月29日和3月26日分两期搬迁往3号航站楼。