迷路是洞穴探险者最容易遇到的问题。深入地下洞穴，缺少了路标和指引，也没有准确的参照物，一切都是未知的，就连洞穴有多长、多宽、多深可能都无法知晓，四周的黑暗压抑得人喘不过气来，在这种情况下是最容易迷失方向的。据统计，世界上所发生的诸多洞穴探险失踪事件中，绝大多数都是因迷路而造成的。
比如越南的韩松洞，它的容积巨大，可以容得下一座40层高的楼房，或者并列排放两架波音747飞机，号称是“世界第一巨洞”。1991年的一天，当地一位农民在丛林中遇到了暴风雨，情急之下钻到了一个山洞中躲避，竟在无意之中发现了这个巨大的地下世界，但是洞内漆黑一片，仿佛地狱一般，他很想进去一探究竟，但洞口向下是一处十分陡峭的斜坡，从洞里传来的是呼啸的风声和咆哮的流水声，内心的恐惧使他望而却步，直到2009年来自英国洞穴研究协会的一群探险队员才真正揭开韩松洞的神秘面纱。据探险家描述，这里眼前是一片漆黑，只能靠头灯和手电筒摸索前进，看似步行只需要走20分钟的地方要花上两个小时才能到达。偶然之间会看到一片阳光射入谷底，这个像是天花板一样的开口就是地质学上常说的“天窗”。每一次看到“天窗”，都如同是从地狱回到人间。
水下洞穴探险更是极限冒险运动中的极限，不仅面临着耗尽氧气的危险，探险家们还可能会撞上洞壁，搅浑污泥，迷乱视线。在墨西哥的尤卡坦半岛上，热带雨林之下的岩石中分布着成百上千个巨大的洞穴，其中有些绵延几十公里长，而且都充满着水，探险家们为了防止迷路，他们都是集体行动，并在前进的途中拉上一条绳子，只要顺着绳子走，就能原路返回。
洞穴中时常会有地下河或者湖泊，只闻其声不见流水也是常有的事儿，这一步还是坚硬的岩石，说不定下一步就是深不可测的水潭。地下河的水位随着季节具有明显的变化，倘若遇到暴雨，一夜之间流水充满洞穴也极有可能。
2009年12月，法国7名洞穴探险爱好者进入位于法国和西班牙交界处的比利牛斯山的一个洞穴内探险，当他们在到达地下700米处时，突然地下河水位上涨，其中的3人被切断回路，另外4人想方设法进行营救未果，然后急忙返回向外界求救。后来一家专业的救援队来到现场，潜水小组潜入洞穴，然后用炸药炸开一条通道，才终于将被困人员成功救出。
此次泰国的集体失踪事件，正赶上雨季，连日降雨形成的洪水灌入洞穴之中，水位升高的速度很快，造成部分洞穴积水，给失踪人员的生命造成了更大的威胁，也极大地增加了搜救的难度。
洞穴往往是很多野兽的栖息地，人类到洞穴中进行探险是擅闯野兽领地的行为，很有可能遭受攻击。美国著名的猛犸洞，号称是世界上最长的“地下迷宫”，当初它被发现就与野兽有关。1797年，在美国肯塔基州的中部，一位猎人打伤了一头熊，结果那头受伤的熊反过来追击猎人，猎人慌乱之下急忙逃跑，躲进了一个山洞里，然后就发现了猛犸洞。后来的探险家在洞中发现了很多生命力顽强的生物，甚至还发现了几具古代印第安人的遗体，以及印第安人用过的火把、编织的草鞋以及他们在墙上画的壁画。
有些地下洞穴就是一个完整的生态系统，有山、有水、有生物。比如我国著名的广西大石围天坑，这里洞底有洞，洞中有河，洞中还有森林，其中不仅有桫椤、冷杉等珍贵植物，还有一些盲鱼、虾、蟹等水生生物，以及濒危物种鼯鼠等。
在洞穴中被蛇或者被蝙蝠咬到实在是太常见了。美国新墨西哥州的卡尔斯巴德洞穴，是由120个不同的洞穴组成的洞穴群，阴暗、潮湿的洞穴环境非常有利于蝙蝠的生存。在其中一个洞穴里，竟然生活着大约40万只墨西哥无尾蝙蝠。每当夜幕降临时，它们成群结队地飞出洞穴去寻找食物，然后再依次返回巢穴，犹如旋风一般，如果亲眼目睹这样的场面不知你会有何感想？蝙蝠常常带有多种病毒，一旦被感染，短时间内往往无法合理医治，倘若这些病毒被带回到洞外人群中，还有可能造成更广泛的传播和交叉感染。
2013年，意大利的考古学家在希拉波利斯古城的一面墙壁旁边发现了一个奇怪的洞穴入口，洞口一直向外冒气。根据古希腊学者斯特拉博的记载，这里有一个“地狱之门”，里面充满了如同浓雾一般的蒸汽，任何动物进入这个洞口都会立即死亡。考古学家认为这就是所谓的“地狱之门”，因为他们发现事实真的如同文献中记载的那样，几只飞鸟试图靠近这个洞口，结果都倒地死亡。其实，这些所谓的有毒气体只不过是二氧化碳，它们来自于地下温泉，是从富含碳酸钙的温泉中不断地释放出来的。
由于二氧化碳的密度比空气大，所以它易于下沉聚集，浓度过高就会影响人体呼吸，甚至造成窒息，此类事件层出不穷。2017年11月29日，南宁市武鸣区某村4人一同进山寻宝，其中1人通过一条狭窄的石缝爬入某洞穴，然后又利用绳索下滑到了60米深的地下，可是之后再也没有上来，其余3人急忙营救，仍无济于事。后来消防队员赶到现场，但洞中复杂的地形条件和缺氧环境严重阻碍了救援行动，等消防队员进入洞穴接触到被困人员时，该被困人员已经窒息死亡。
据一些资深洞穴探险家说，洞穴中有时候还会存在有毒的气体，比如氨气，通常为大量蝙蝠的粪便堆积之后发酵所形成，臭气熏天还不是大问题，过量的氨气会造成人体慢性中毒引起呼吸道疾病，这才是最可怕的。
通常而言，地下洞穴得不到光照，多为阴暗潮湿的环境，长时间处于这样的环境下，对人体健康是一种极大的考验。正因为洞穴环境条件的特殊性，使之成为航天员训练的理想场所之一。据《中国青年报》报道，2016年6-7月，我国航天员叶光富代表中国赴意大利撒丁岛，和来自美国、俄罗斯、西班牙、日本四国的其他5位航天员参加了欧洲空间局组织的洞穴训练任务。据叶光富介绍说，洞穴中阴冷、潮湿，温度常年维持在14～15℃，湿度维持在99.9%，让所有人都感到不适，很多人在晚上睡觉的时候会被冻醒。毫不夸张地说，洞穴里的温度和湿度环境恐怕是绝大多数人无法忍受的。
极端情况下，也会有少数洞穴出现高温现象。2000年4月，北美洲墨西哥奇瓦瓦市的采矿工人正在奈卡矿地下300米深处挖掘巷道时，突然有人发现了一个巨大的洞穴，走进其中竟然看到这里到处长满了“利剑”，长的超过人的身高，短的也有几十厘米，都是半透明的柱状物，置身其中就像是走进了一座水晶宫殿，其实它们都是天然形成的石膏晶体。矿山主管决定立即改变巷道的方向，以免对洞穴造成破坏。不仅如此，该矿业公司还在洞口安装了铁门，严禁任何人进入其中。尽管防守如此严密，还是未能挡住洞穴对人们的诱惑，有一个工人通过一处狭窄的缝隙偷偷钻进了洞里，遗憾的是，他还没有来得及好好欣赏一下这里的美景就失去了知觉，晕倒在洞里，等到后来被发现时已经不幸死亡。原来，这里虽然景观壮美，但不适宜人类长久滞留。因为洞里非常炎热，热量不断地从下面的岩浆中散发出来，气温高达至58℃，如果没有适当的保护，人只能忍受大约10分钟的时间，所以每一次进洞都有中暑的风险。
洞穴内一般都没有手机通讯信号，一旦遇险很难发出求救信号，这就需要特别提醒大家：千万不要一个人单独去探险！
据《南宁晚报》报道，2013年3月22日，南宁市马山县有3位村民出于好奇而结伴走进某山洞探险，不料其中一位在洞内将右脚扭伤无法动弹，可是山洞内没有任何通讯信号，同伴们尝试了一个多小时的自救失败后，只好让其中一人原路返回跑出山洞求救。后经当地消防队员全力救援，才将受伤的村民安全送回地面。由此事件可想而知，如果是单枪匹马去探险，受伤之后谁能及时赶到救援呢？
类似的事件还有很多。2014年6月8日，德国著名的洞穴探险家约翰•韦斯特霍伊泽与两名同伴前往著名的里森丁洞穴，该洞穴距离地面1000多米深米，总长约19.2公里，是德国已知最深和最长的洞穴，但内部结构复杂，没人知道内部的具体状况。然而，在探险过程中，这位经验丰富的探险家竟然被落石击中，严重受伤无法行走。无奈之下，其中一名同伴历经10个多小时的攀爬重新返回地面求救。后来，德国、奥地利、意大利、瑞士和克罗地亚5个国家共出动728名救援人员，包括专业洞穴探险者、医护人员和直升机机组等，历时12天，花费200万欧元（约和1700万人民币）才将其救出，被称为“史上最贵救援行动”。
除了以上最显著的危险因素之外，探险中还可能面临洞穴坍塌、被狭缝卡住、饮用水缺乏等情况。总而言之，洞穴探险危险重重，总会有各种让人意想不到的情况发生。因此，洞穴探险不是简单的游玩，可不能说走就走，它不仅需要一定的地质学和生物学等专业知识，更重要的是需要丰富的野外求生知识和良好的身体素质，即便是专业的探险家仍有可能遭遇不测，更何况是普通驴友。所以，如果你对洞穴探险有强烈的好奇心，一定要跟随专业团队，或者参加已经对外开放的旅游项目，走那些相对成熟的探险参观路线。请大家谨记三点：不逞强、不冒险、不单独行动。