5+3一体化和本硕连读的区别有：本硕连读适用于除医学外的所有专业，而5+3一体化主要适用于医学临床科学专业。另外，本硕连读的课程要求很严格，有的学校规定如果一年有三门课程不及格或者七年有四门课程不及格，或者有课程补考也不及格，会被分流到普通本科，而且是降届分流，而5+3一体化获毕业证书和医学学士学位五年制毕业生，不需要参加硕士研究生入学考试，直接进入与住院医师规范化培训相衔接的专业学位硕士研究生教育阶段，两段一体化培养。
材料补充：
5+3一体化指五年本科三年研究生，三年研究生在读期间参加医师规范化培训，8年毕业后研究生学位学历，入职后不需要再进行规培。主要适用于医学临床科学专业。
本硕连读是指由本科阶段直接保送进入硕士生阶段学习的一种培养方式。本硕连读可以直接保送优秀本科生进入硕士生阶段学习，不必参加硕士生入学考试，不必撰写本科毕业论文，有利于学生专心学习专业知识，早日完成硕士生学业。所以有些高校规定本硕连读或硕博连读可以比正常学制提前一年毕业，有利于早出人才、快出人才。适用于除医学外多种专业。