论文查重中引用的部分不算重复。
若用户引用参考文献的格式设置正确，查重系统不会计算参考文献的重复率，而是计算参考文献的引用率是多少。
查重系统在对参考文献查重时，会先识别参考文献的引用格式，若格式正确，查重系统会将参考文献的内容和引用库的内容进行比对，如果内容一致，查重系统就会判断这部分内容为参考文献部分，并不会计算其重复率是多少。
因为论文查重中的引用部分是需要有一定的正确格式，如果格式不正确，那么查重系统就会认定这一部分的内容是论文中自己撰写的，然后到新系统文献库中进行查重，那么就很容易出现标红。所以大家一定要将论文的格式修改好才行，不然查重过程中就有可能出现问题。
论文查重原理：
知网学位论文检测为整篇上传，格式对检测结果可能会造成影响，需要将最终交稿格式提交检测，将影响降到最小，此影响为几十字的小段可能检测不出。对于3万字符以上文字较多的论文是可以忽略的。
对比数据库为中国学术期刊网络出版总库，中国博士学位论文全文数据库、中国优秀硕士学位论文全文数据库，国重要会议论文全文数据库，中国重要报纸全文数据库，中国专利全文数据库，个人比对库，其他比对库。部分书籍不在知网库，检测不到。
上传论文后，，系统会自动检测该论文的章节信息，有部分同学反映说自己在段落中明明引用或者抄袭了其他文献的段落或句子，为什么没有检测出来，这是正常的。中国知网对该套检测系统的灵敏度设置了一个阈值，论文检测该阈值为5%，以段落计，低于5%的抄袭或引用是检测不出来的。
首先，引用期刊格式能够对论文的引用进行规范化处理。研究生毕业论文中引用其他文献是常见的做法，但是如果引用的格式不统一或者不规范，会给查重系统的识别带来困难，容易造成论文相似度的误判。而引用期刊格式的使用可以统一格式、统一标准，确保文献引用的准确性和完整性，提高查重系统的识别效果。
其次，引用期刊格式能够有效减少文字相似度。研究生毕业论文中引用期刊文献是十分常见的情况，而期刊文献往往具有较高的学术权威性和独立性。在引用期刊文献时，研究生需要按照期刊的格式要求进行引用，包括作者、题目、刊名、卷期号等信息的标注。这样一来，即使多篇论文引用相同的期刊文献，由于引用格式的差异，也会降低论文的相似度。
此外，引用期刊格式还有助于确定引用来源。研究生毕业论文是通过对前人研究成果的综合总结和借鉴来形成的，引用其他学者的研究成果是必不可少的。然而，如果论文中的引用格式不规范，没有指明引用的具体来源，就很难确定引用的文献来源，这不仅会影响论文查重的结果，还会妨碍学术交流和后续研究的深入。
总之，论文查重对于研究生毕业论文的撰写具有重要意义，而引用期刊格式在论文查重中的作用不可小觑。引用期刊格式的规范使用能够提高论文查重系统的识别效果，降低文字相似度，保证学术诚信和研究成果的原创性。因此，研究生在撰写论文时要注意引用期刊格式的正确使用，确保文献引用的准确性和完整性。只有如此，才能够顺利完成论文查重，并最终获得一份优秀的毕业论文。