1、种类不同
可可豆是可可树的果实，早在哥伦布抵美前，热带中美洲居民，尤其是马雅人及阿兹特克人，已知可可豆用途，不但将可可豆做成饮料，更用以作为交易媒介。16世纪可可豆传入欧洲，精制成可可粉及巧克力，更提炼出可可脂(cocoa butter)。
咖啡树为茜草科多年生常绿灌木或小乔木，是一种园艺性多年生的经济作物。咖啡树的原产地在非洲的埃塞俄比亚。巧克力，原名就叫可可，是从可可树上结的果子里取出的种子，这种直接从树干、树枝上生长出来的果子也叫做可可豆荚。
2、采摘周期也不同
咖啡豆是长在树枝上的，一颗咖啡果掰开里面有两瓣咖啡豆。在作物采摘期方面，咖啡树是一年一收成。可可果是长在树干上的，一颗可可果像橄榄球般大小，大概有20-70颗可可豆不等。可可果是二年一收成。
3、口感不同
从成品豆子的外形上来看，咖啡豆的外貌比可可豆明显要“清秀”，光滑的豆面，几乎每一颗同品种咖啡豆尺寸都一致，中间统一梳着一道发际线，看着就觉得分外体面。相较之下，可可豆灰头土脸，面上总有一层看起来不干净的东西糊着，但是可可豆碾碎了是粉末，实心的，口感醇厚。
细致的讲，可以说它们不是一种东西。
可可豆相当于咖啡豆中的阿拉伯咖啡豆。
咖啡豆是一个统称，它巧克力的成分：
制造黑巧克力的主要材料有两种：可可豆和糖。可能是由于优质巧克力制造商的大肆渲染，现在流行以巧克力中的可可含量来评价巧克力，好像它是影响巧克力成品品质的唯一因素。然而事实上，高含量的可可完全有可能生产出低品质的巧克力。依我看来，大部分可可含量在85％以上的巧克力味道都不好，最佳的可可含量大约在55％-75％之间。最关键的是可可豆的质量。也许最能体现技巧的是，在一定量的多种混合可可豆中加入多少份额的糖。经济因素的考虑也很可能影响到这一比例，因为糖比可可豆便宜10倍，比可可脂便宜20倍以上。
同咖啡一样，可可豆的种类主要有两种。薄壳的克里奥罗（criollo，在西班牙语中意指“本地”）可可豆相当于咖啡豆中的阿拉伯咖啡豆，它代表了产地比较稀少、质地不太坚硬、风味不太浓郁的一类可可豆，其产量最多，占世界总产量的10％。这种可可豆生长在委内瑞拉、加勒比海、印度洋和印度尼西亚。这种小树结着中等大小带深槽的豆荚，随着成熟，槽逐渐消失，变成细点。
厚壳的佛拉斯特罗（forastero）（意指“国外”）可可豆与咖啡豆中的罗拔斯塔（robusta）咖啡豆同类，在非洲和巴西大量种植。同样，它也很结实，风味不足，需要剧烈的焙炒来弥补不足。也正是这种高强度的焙炒使大部分黑巧克力带着一种焦香味。最好的制造商也在他们的产品中混合了一些佛拉斯特罗可可豆，因为它们能赋予巧克力优良的质地和延伸性。但只有克里奥罗可可豆才能提供优质巧克力的酸度、平衡度和复杂度。
一般来说，如果黑巧克力中的可可固形物含量在50％以下，那么它们的品质不会太好。因为这样的产品要么太甜，要么太油腻，而且要用其他的可可脂风味增强剂（一种比较委婉的说法）来替代一部分可可脂含量。为什么要替代可可脂？一些大规模制造商有各种理由，比如延长货价期，提高巧克力的融点。但其中一个理由毫无疑问使出于经济的考虑。因为可可脂被化妆品工业评价为一种独特的脂肪，它的融点正好在人体血液温度以下，使唇膏和其他一些护肤面霜的最好的基料。正是可可脂的这个特性，使它入口即化，赋予巧克力独特的口感。这是其他成分无法完全替代的。如果你品尝一些廉价的巧克力，很可能会有吃多了感到厌烦、太厚太油腻的感觉，这可能使棕榈油、坚果油或其他一些可可脂替代物造成的。可可脂的晶体结构也赋予巧克力与众不同的遇热软化、遇冷硬脆的质地特性，以及它光亮的外观。
可可的固形物含量在50％一下的黑巧克力不可避免会变得太甜。米歇尔.肖顿，巴黎的巧克力商人，指出糖对于巧克力就像盐对于其他食物一样，少量的能增加风味，但过多的反而会破坏风味。与蔗糖有关的一个问题，是在不知不觉中，蔗糖已经成为食品加工业的一个部分。糖的营养价值很少，也并不是用来作为甜味剂，在一些食品中，它往往是用来提高总体的口感。
自从考特斯把巧克力饮品带入西班牙宫廷后，香草就一直作为巧克力的一种成分，到现在仍有一些优秀的制造商在使用香草。但自从20世纪初从一些针叶树中发现了乙基香兰素后，大部分制造商豆转而使用这种人工合成的调味剂。
除上述配料外，还有一种成分就是大豆卵磷脂。现在几乎所有巧克力中都含有这种成分。大豆卵磷脂是作为乳化剂和稳定剂在精磨过程中添加进去的。它的主要功能是改善巧克力的质地，保证巧克力的品质。（参考《巧克力鉴赏手册》Chantal Coady著 上海科学技术出版社.香港万里机构）
咖啡豆有很多种，可可豆就是其中的一种。咖啡和可可是两种不同的植物，味道也不一样。
附图中，上两图是咖啡及咖啡豆，下两图是可可和可可豆：
咖啡豆原产于东非埃塞俄比亚以至中东地区，是咖啡的原料。
可可豆原产于中美洲，最初由玛雅人和阿兹特克人种植，是所有巧克力和可可饮料的原料。