工程分包，税收该如何做？
我公司分包了一个工程，总包方已经把总包的税款都交了，他在给我们付款时把税款从总金额中扣除了，可我们开发票时又要向税务局交一笔税，岂不是交了两次税。我该怎么办呢？我听说从09年开始总包方就已经不再替分包方代扣代缴税了，可由于我们这个工程在灾区，现在对灾区有个支持，甲方在付款时，当地就已经把总包的税款扣了。请问各位高手，总包已经交了税，做为分包方，我应该如何做账呢？特别是税这块。谢谢！！！！
补充说明：我们与总包签的不是分包合同，而是一项合作协议，这个工程招标文件上明文规定不允许分包，这又该怎么办呢？
建筑业总承包人应当将工程分包或者转包给他人，其营业额为工程总承包额减去付给分包人或者分包人的价款后的余额。
也就是说，在工程分包的情况下，总承包方应按合同总金额减去支付给分包方的价款后的余额计算并缴纳营业税，分包方应对分包方完成的分包金额承担相应的纳税义务。同时，按照规定，总承包方属于法定扣缴义务人。
在与分包商结算已完工工程价款时，总承包方还应根据与分包商结算的工程价款，计提营业税。
大型工程项目的建设往往涉及多个行政区域，营业税属于地方税。由于地方利益的竞争，分包工程的纳税地点有时成为税务实务的重点，建筑安装业务实行分包、分包的，总承包方应当按照建筑业营业税纳税地点的规定，扣缴分包商、分包商应缴纳的营业税。
扩展资料：
工程分包完税证明：
个人所得税完税证明，是缴纳个人所得税的人，获得的税务机关开出的一份缴纳税收额度的一个证明。纳税人需要开具完税证明的，应由本人提供合法的身份证明，主管税务机关根据纳税人在本局缴纳的税额为其开具。
个人所得税完税证明对纳税者来说具有十分重要的作用。如在办理贷款、购房、出国、移民、求职、保险等事项的手续过程中，个税完税证明都是不可或缺的重要凭证。
拿着身份证到区县地方税务局分局的服务大厅(或税务所)，填一个简单的申请单，由税务机关核对后开具一张你所要求期限的个人所得税完税证明，当时立等可取，
其次，通过所在单位的财务和办税人员，集体到税务机关开一个单位的批量完税证明，时日不长，由企业财务代办，办完了把完税证明给纳税人。
最后，国家税务总局就有一个代收代扣税款凭证，这个是由代扣代缴单位开具的，在纳税人每月缴税时，可向代扣代缴单位的办税人员索取，办税人员的凭证是由当地的主管税务机关给的。
参考资料来源：
大型工程项目施工往往涉及多个行政区域，而营业税属于地方税，由于地方利益竞争，在纳税实践中分包工程的纳税地点有时也成为焦点问题。按照《营业税暂行条例》的规定，建筑安装业务实行分包或转包的，总承包人应该按照建筑业营业税纳税地点的规定，扣缴分包或转包人应缴的营业税，即建筑业营业税的纳税地点在什么地方就在什么地方代扣代缴，具体来说就是:
①非跨省工程的分包或转包，由扣缴人在工程所在地代扣代缴。
②跨省工程的分包或转包，由扣缴人在扣缴人的机构所在地代扣代缴;如果分包或转包人将工程再一次分包或转包出去，有一段工程仍是跨省工程，该段跨省工程的营业税亦由总承包人在其机构所在地代扣代缴。
分包在总包交税的情况下不交税了，如果分包要开票，是让总包去原来开总的税务局开具《完税证明单》；
分包在取得总包提供的完税证明单后，就可以到分包工程所在地的税务机关开票建筑安装发票了，不交税金，并进行已交税款进行申报，并不交税。