万历皇帝二十多年不上朝，要分三个阶段来解读，有身体的因素，也有心理的原因，更有当时明朝日益剧烈党争有莫大的关系。
万历十年以前
明神宗朱翊钧登基的时候才10岁，他接手的时候，明朝已经被他爷爷嘉靖皇帝闹腾得差不多了，他的父亲明穆宗朱载坖那六年纯粹就是打打酱油，朝政基本把持在徐阶、高拱手中。
明穆宗事后，明神宗朱翊钧继位，年纪太小，需要有人辅助扶持，自嘉靖朝到万历朝，都是文官集团把持朝政，涌现了一批的能臣，从夏言、严嵩，徐阶、高拱、张居正，都是整个明朝能力最强的权臣。
万历登基后，虽然岁数小，但是辅助内阁重臣都非常的能干，对万历皇帝的教导也非常的上心，至于朝政事务基本不需要万历插手，高拱、张居正都是宰辅之才。
这十年是万历皇帝成长的十年，也是他心理变化最大的十年，内有李太后随时鞭打、教训，外有高拱、张居正教育训斥，少年天子的心理很矛盾，既对他们有很大的依靠心理，又心怀怨恨。换了谁都会如此，本是天真烂漫的岁月，硬要扛上帝国江山的重担，谁都可能心理失衡。
这种失衡在万历十年以前给小皇帝种下了种子，后来他亲征后，对张居正的清算之狠毒，完全可以诠释他内心的怨恨和发泄。
孩子从小的教育相当重要，更何况朱翊钧未来要当皇帝。
万历十年至万历十五年
这五年是万历亲征最为辉煌的五年，张居正死后，万历亲征，他非常的勤勉，甚至与开国皇帝朱元璋有一比，一年给自己只放三天的假期。
万历对各种奏章，事务都是亲自处理，他虽然把张居正的万历新政废除了，但是大的根基还是没变，万历很清楚明朝此时的症结在哪里，帝国危机处于要爆发的期间。
在这五年时间里，万历三大征都是万历皇帝亲自主持并全部获胜，这对当时摇摇欲坠的明朝来说是一剂强心针。
这五年是万历真正独当一面的五年，也是他抗争的五年。
不要以为权臣张居正死了，万历皇帝亲征了，一切都解放了，天王老子都不怕了，万历要面临的阻力依然很大，那就是来自于文官集团与皇权的对抗。
嘉靖年间最大的失误是嘉靖皇帝没有杀了海瑞。
海瑞的《治安疏》石破天惊，不但博得了天下美名，而且皇帝还没杀他，其实海瑞是个百无用处的人物，仅凭一腔热血，对朝局起不了丝毫作用，他却开了明朝清流冒死对抗皇权的先河，人人都想用此种手段来博出位。
万历年间更甚，朝中一帮清流对皇帝的百般对抗，让万历皇帝非常的恼火，在这五年期间，万历皇帝还强忍的性子与这帮文官周旋。
万历十五年以后
万历十五年是一个特殊的年份，突然之间，万历皇帝不再亲朝，不再召对，不再亲批奏章了，他病了。
万历皇帝的病有两方面，一是身体有恙，据后世考古发现（郭沫若主持定陵发掘），万历皇帝有严重的腿疾，他是个瘸子。一个走路不正常的皇帝每天上下朝，会见群臣，虽然每人敢当面嘲笑，但背地里肯定会有言语，重要的是万历皇帝从小就是个自尊心受过伤害的人，他非常在于别人对他的看法。
身体有恙还是个小事儿，最重要的是万历皇帝的心理起了严重的变化——放弃。
万历十五年后，“争国本”事件越演越烈，满朝上下一致针对万历皇帝，没有一个大臣支持他立太子。说实话，皇帝喜欢哪个儿子是他自己的事情，要立哪个儿子当皇帝也是他自己的事情，要在以前的朝代，谁敢对皇帝立太子多说一句，肯定是脑袋搬家。换朱元璋、朱棣试试，灭你九族。
事情坏就坏在海瑞身上，自从他那么一闹后博得了清名后，后世文臣言官对皇帝发难的程度简直到了令人发指的程度，人家睡哪个老婆都要管，你说气人不气人，关键是皇帝还拿这群王八蛋没有办法，祖制规定不杀言官。
万历皇帝彻底放弃了，不再与那群朝中的“鼓舌鸟”斗了，也彻底放弃皇权与文官集团的权力斗争，只要过得去，没人造反就行，至于其他的，能拖就拖，多一事不如少一事。
万历皇帝二十多年不上朝的根本原因其实就是皇权的落败，他对文官集团彻底的失去了信心，对自己失去了信心，只想混着日子过一天算一天吧。万历死后二十五年，明朝就彻底的歇菜了。崇祯皇帝上吊前有一句话：满朝文官皆可杀。