根据教育部和卫生部的共建协议，以及《中国协和医科大学和清华大学关于落实两部协议的实施意见》的指导，教育部发布了《关于中国协和医科大学更名的通知》。根据这一通知，中国协和医科大学现正式更名为"北京协和医学院"。这一更名决定是基于学校与清华大学之间紧密的办学合作需要，因此，校方将同时使用"北京协和医学院—清华大学医学部"的名称进行标识。
尽管学校名称有所改变，但更名后的北京协和医学院仍保持独立法人身份，原有的隶属关系、人员编制、资产管理和经费管理体制均保持不变。这意味着学校的运营和管理结构未受实质影响。
自2007年5月18日起，新的名称和相关印章正式启用。这是学校历史发展的一个重要里程碑，标志着北京协和医学院在新的起点上继续追求卓越的医学教育和科研工作。
2007年5月18日，中国协和医科大学正式更名为“北京协和医学院”；鉴于与清华大学紧密合作办学的需要，同时使用“北京协和医学院—清华大学医学部”的名称，接受教育部、卫生部双重领导，其原有的隶属领导关系、资产关系和经费管理体制保持不变。