传统方法与试剂盒提取质粒的主要不同在于样品破碎、裂解和纯化的步骤。传统方法通常需要通过机械破碎、超声波处理或化学方法（如碱裂解）等手段来打开细胞并释放DNA，然后通过离心、柱层析等手段进行纯化。而试剂盒则通常采用了改进的化学方法，将上述步骤集成在一起，简化了过程，同时也提高了提取DNA的纯度和产率。
试剂盒提取质粒的基本步骤包括：细胞破碎/溶解，去除杂质，结合DNA到载体，洗涤，再溶解，最终获得高纯度的质粒DNA。其中，试剂盒改进的步骤主要包括以下几个方面：
细胞破碎/溶解：试剂盒中通常包含有专门的细胞破碎/溶解缓冲液，可以快速有效地破坏细胞膜和细胞壁，释放出DNA。
去除杂质：试剂盒中会添加一些化学试剂，例如盐和碱性成分等，用于去除细胞杂质和蛋白质等。去除杂质的过程可以通过离心或柱层析来实现。
结合DNA到载体：试剂盒中多数采用硅胶或玻璃纤维膜等固定相材料，通过将DNA在其表面吸附并结合，来提高提取的纯度和产量。
洗涤：经过固定相的DNA需要洗涤以去除非特异性结合的物质，例如残留的碱基、盐、蛋白质、RNA等。洗涤步骤可以使用高盐缓冲液和无水乙醇等试剂进行多次反复洗涤。
再溶解：最后，DNA/载体复合物会被释放到恰当的缓冲液中，使其中的DNA易于储存和使用。
试剂盒提取质粒的原理是利用化学方法将质粒DNA从细菌细胞中裂解和收集到纯化介质中，同时去除其它核酸或杂质。其中，细胞裂解试剂包含了一些快速有效的细胞破碎/溶解缓冲液，可以迅速地打开细胞并释放DNA。而纯化过程中，固定相材料可以选择性地吸附DNA，并去除非特异性的杂质。经过多次洗涤和溶解后，最终获得高质量、高产量和高纯度的质粒DNA。