1:胭脂井：南朝陈祯明三年（589年），隋兵南下过江，攻占台城，陈后主闻兵至，与妃张丽华、孔贵嫔投此井。至夜，为隋兵所执，后人因称此井为辱井。隋唐以后，台城屡遭破坏，景阳殿已毁，景阳井也随之湮没。后人为了记取陈后主亡国教训，遂在鸡笼山的鸡鸣寺立井。
2、药师佛塔：药师佛塔位于南京市玄武区鸡鸣寺最高处，始建于梁大通元年（507年），复建于1988年，高44.8米，主体为钢筋混凝土结构，外层用木结构装修。
3、大雄宝殿：毗卢宝殿又名大雄宝殿，为寺内主殿，重建于1994年。殿内正中供奉三身佛中的毗卢佛（法身佛像）。两边供奉文殊，普贤二大菩萨，东西两旁供二十四诸天。
4、观音殿：鸡鸣寺观音殿内供奉的观音像面北而坐，殿门的楹联写道：“问大士为何倒坐，叹众生不肯回头”。