有以下原因:
一:扣缴义务人申报出错
一般工资薪金所得的扣缴义务人是员工任职受雇单位，除非是劳务派遣员工，劳务公司或人力资源公司进行工资发放和个税申报。如果扣缴义务人有意或无意的对员工工资申报错误，就会出现个税对应工资和实发工资不一致。
二:企业少报员工工资，以便员工少交个税
这种情况下，个人所得税对应的工资就会低于员工实发工资，但是这样处理风险很大，因为现在针对员工工资薪金所得实行的是全员全额扣缴申报纳税，而且支付给员工的工资薪金是企业所得税前扣除的，两个税种一比对，很容易被追查。
三：补贴、津贴等的存在造成个税工资和实发工资本身就不同
企业有时候会发放一些补贴、津贴等，这些有的是需要交税的，有的是不需要交税。
比较常见的不需要缴纳个税的情形：
1、员工收到因公在城区、郊区工作，不能会单位就餐，根据实际误餐顿数而领取的误餐费；
2、员工出差期间发生餐费，在标准内领取的差旅费补贴；
3、员工使用公司购买的手机，进行业务活动，通讯费由公司承担，发票也是直接开给公司；或某些地区规定的通讯补贴标准范围内的，不需要扣缴个税；
4、当地规定的交通补贴范围内的，不需要缴纳个税。
由于有可以不缴纳个税的工资薪金组成部分，也存在某些实物奖励需要缴纳个税，而并没有计入实发工资的情况，所以本质可能出现两者不一致。
四：个税申报延迟于实际工资归属期
个税申报是在实际发放月份，并不是会计计提当月就要进行纳税申报。也就是说员工实际取得工资，才有纳税义务。比如企业是当月计提工资，下月发放并进行纳税申报，那么2月份申报个税工资以及实际发放给员工的工资实际是员工1月付出劳动所取得的。如果在对照两个工资数额的时候，拿工资单上注明的1月份的实际工资（实际是2月份取得）和1月份的个税工资进行对比，这就错了，因为1月份的个税工资实际对应的是上年12月份的实发工资；和工资单上1月份的实发工资对应的应该是2月份个税工资。站在全年来看，个税一年工资实际是上年12月份到本年11月份对应的工资单上的实发工资。
法律依据:
《中华人民共和国个人所得税法》
第二条，下列各项个人所得，应当缴纳个人所得税：
（一）工资、薪金所得；
（二）劳务报酬所得；
（三）稿酬所得；
（四）特许权使用费所得；
（五）经营所得；
（六）利息、股息、红利所得；
（七）财产租赁所得；
（八）财产转让所得；
（九）偶然所得。
居民个人取得前款第一项至第四项所得（以下称综合所得），按纳税年度合并计算个人所得税；非居民个人取得前款第一项至第四项所得，按月或者按次分项计算个人所得税。纳税人取得前款第五项至第九项所得，依照本法规定分别计算个人所得税。
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