我是合工的，也访问过南理，和你具体分析一下吧。
首先是区位优势，南京毕竟算是准一线，现在的地域条件肯定比破合肥好。将来去江南甚至上海发展更方便一点。而且南京高校比较多，将来考研选择性也大一点。合工大优势在于安徽好学校少，合工大绝对是排第二的（第一是中科大）安徽省的基本都认合工大这块牌子。
在专业设置上，南京理工的军工方面很有优势，作为一个军迷无限向往。其他方面也是不差的。合工大的特色是车辆、管理等等，除了军工，合工大可以和南理基本难分伯仲。
最后是出路吧，南理不太清楚，合工大的水平是合工大不卖完（就业生签约率超过90%），安徽其他大部分学校就别想开张。不过考虑到南理也是很强的工科学校，应该也不差。至于校园恋爱么，合工大和中科大是安徽著名的两座庙，南理工据说是好很多。
追问那合工大的食品安全专业在安徽省好找工作吗
追答这个专业么，属于工大相对比较弱势的一个学科，不过考虑到安徽省内这个专业的也不多，填饱肚子应该没问题，适当改行的话就业面更宽。