1959年1月，福州铁路局成立，局机关设办公室、总工程师室、行车安全监察室，及运输、机务、车辆、工务、电务、基本建设、材料、卫生、人事、教育、计划统计、财务会计、生活福利、公安等14个处，各业务处设若干个科。1960年8月，运输处分为车务处和货运处，行车安全监察室改称为安全监察室，生活福利处改称为职工生活管理处。其后又相继成立工程处、材料供应处、三处(军事动员处)。至1963年底，局机关共有21个处。
1961年8月，为适应运输生产需要，成立福州、邵武、永安、厦门等4个办事处，为铁路局派出机构。1963年3月，厦门办事处撤销，将其管辖范围划归永安办事处管辖。
1965年5月，福州铁路分局成立，分局机关设办公室、安全监察室、运输科、机车车辆科、工务电务科、计划统计科、财务材料科、劳动工资科、三科(军事动员科)。
1971年11月，福州铁路分局机关设办公室、生产指挥部、政治部、保卫部，各部室下设若干小组。办公室设秘书、行政管理组；生产指挥部设运输、机辆、工电、安全、计财、劳资、物资、卫生生活组；政治部设组织、干部、管理、教育、群运、直工组；保卫部设办事、保卫、警卫、治安组。
1972年6月，福州铁路分局机关设办公室、安全监察室、综合技术室、运输科、机车车辆科、工务电务科、计划科、人事科、财务科、公安分处、人民武装部。
1978年9月，撤销分局综合技术室，成立总工程师室；运输科分设为运输科、货运科和客运科；机车车辆科分设为机务科和车辆科；工务电务科分设为工务科和电务科。
1984年11月，成立基建分处。1985年1月成立物资管理科，6月成立审计科。1987年1月成立房建地亩科。
1991年初，成立铁路烟草专卖管理所筹备组，筹备组下设办公室，负责筹建福州、郭坑、厦门3个烟草管理所。4月，成立地方铁路公司筹备组，5月成立保价运输办公室。为适应工作需要，分局教育办更名为教育委员会；分局集体企业办公室更名为集体经济管理分处，分局法律顾问室更名为法律室；分局路风建设办公室原属党委编制，年内改列行政编制，隶属分局和分局党委双重领导。11月成立综合治理委员会办公室，隶属于分局党委领导。12月成立地方铁路办公室。
1992年6月，成立福建铁路房地产综合开发公司，同时撤销福州铁路分局房地产开发公司筹备组。原由分局房建地亩科管理的机关基建办公室划归该公司管理。6月，成立福建地方铁路开发公司，实行与分局地方铁路办公室一套机构、两块牌子的管理模式，同时撤销分局地方铁路公司筹备组。7月，成立福州铁路分局劳力调剂中心，挂靠分局劳资科。同月，成立福建铁路经济技术开发总公司，下辖福州铁路运输开发公司、福州铁路旅行社、福州铁路美术广告公司、武夷铁路山庄、福建铁路建材公司、泉州铁路客、货运输公司和福州、郭坑、厦门铁路烟草专卖管理所。该公司与分局多种经营分处实行一套机构、两块牌子的经营管理模式。撤销分局铁路烟草专卖管理所筹备组，福州、郭坑、厦门铁路烟草专卖管理所划归福建铁路经济技术开发总公司管理。8月，撤销来舟铁路中学，其人员设备归并南平铁路中学。9月，成立福州铁路分局节能监测站，为分局附属机构。9月，成立福州铁路分局地方厂矿企业自备车辆管理所，属多种经营编制，挂靠分局车辆科。
1993年，撤销房建地亩科，划归工务科；撤销物资科，划归计统科；撤销机关保卫科，划归行管科；生活卫生科改为卫生科；撤销路志办划归分局办公室；成立行政管理科，负责机关总务、财务、保卫工作以及生活和福州地区公共事业的协调工作。1月，成立分局资金调度中心，由财务科领导；3月成立“武夷号”列车管理部；同月成立人才交流培训中心，由人事科领导；5月成立养老保险管理中心，归劳资科领导；7月成立物价管理科；同月成立厦门水电段，同时撤销永安水电段；12月成立嘉光进出口公司(上海铁路局主办)福州分公司。
1994年，根据上海铁路局《关于调整铁路分局机关部分管理机构建制的通知》精神并经上海铁路局批准，从1994年6月1日起分局办公室、总工程师室、安监室、运输科、货运科、客运科、机务科、车辆科、工务科、电务科、计统科、财务科、劳资科、人事科、审计科、教育委员会计16个职能机构改设分处建制，其中称为科的均改称分处。6月，分局教育委员会与职教科合并为教育委员会，负责分局普教和职教管理中心。6月，成立厦门工务段，同时撤销郭坑工务段。厦门工务段为分局直属单位，负责鹰厦线K537+000以南以及漳州支线线桥设备的维修养护工作。9月，郭坑铁中、铁小合并，改称为郭坑铁路职工子弟学校；9月，成立厦门园林绿化工程管理所，同时撤销漳平林场。厦门园林绿化工程管理所为分局直属单位，负责厦门铁路地区和分局铁路线路两侧的环境绿化工作。
1995年，根据上海铁路局《关于将材料厂移交分局管理的通知》，从1995年7月1日起，将原是上海铁路局直属单位的永安、邵武材料厂移交分局领导。5月，成立分局科技发展中心，同时撤销福建铁路电子技术开发公司。5月起，分局电大工作站业余中专学校由分局职工学校管理；7月成立分局劳动保护服务中心；7月，撤销资溪铁小，邵武铁路中心小学与邵武第二铁小合并，改称为邵武职工子弟小学；8月撤销分局法律室，工作划给分局企管室；8月，成立分局多种经营发展中心，同时撤销分局多经分处。至1995年底，分局机关有31个科室。
