1517年10月31日，神学博士马丁·路德在维滕贝格堡大教堂的大门上贴出来一张大字报《九十五条论纲》，这篇文章主要是针对教会出售赎罪券写的，文章的语气也是学术讨论语气，但是这种质疑方式还是一石激起千层浪，顿时将人们积压很久的不满情绪激发出来。《九十五条论纲》张贴以后，德意志地区的赎罪券销量大为降低，一下子马丁·路德成了德意志的英雄，同时也成为教会的异端。1520年，马丁·路德相继发表《致德意志基督徒贵族书》、《教会的巴比伦之囚》、《论基督徒的自由》等三篇重要论文，阐述了他的宗教改革思想，并呼吁德意志贵族致力于宗教改革。1520年6月，罗马教会开除了马丁·路德的教籍，并限他在60日内公开认错。马丁·路德没有退缩，反而以更激进的姿态写了《敌基督的谕令应予反对》一文。公开指责罗马教廷已经沦为反基督的中心，“现在他们倒行逆施，把基督天上君王的形象取来给教皇，把那奴仆（劳苦、传道、受难、受死）的形象完全消灭了。他差不多就是‘反基督者’”，教皇及其教会的行为已经不能代表基督意志。马丁·路德伟大的贡献不仅在于撕破教会与教皇伪善的面纱，更在于他回答了四个基督教的基本问题。“对‘人如何得救？’这个问题，路德的回答是：不凭善功，惟凭信心。对于‘宗教的权威性何在？’这个问题，他的回答是，不在被称为罗马教会这个有形机构里，而存在于圣经中的神的道里。对于‘何为教会？’这个问题，他的回答是，是整个基督信徒团契，因为人人皆是祭司。而对于‘基督徒生活的真谛是什么？’这个问题，他的回答是，在一切有用的职业中侍奉神，无所谓神圣、世俗之分。直至今日，新教的任何经典描述都必定是这些核心真理的回声。”
1536年约翰·加尔文出版了《基督教要义》一书，这是一部阐述他的宗教改革思想的理论著作。在书中他谈到认识上帝的两条途径：一、内在的神性感受。这因每个个体的不同而存在差异，属灵的人比属世的人更容易感受到神的启示，而这种启示是真正出自得救信心的结果；二、圣经中的神的启示。他认为《圣经》是“绝对真理”， 是基督教教义和基督徒生活的准则。基督徒的信仰、教会的组织、教会的纪律、基督徒的伦理道德标准以及基督教教义思想都必须以《圣经》为依据。约翰·加尔文的才能还表现在教会的组织方面。他认为教会职务应包括牧师、教师、长老和执事。长老的职责主要是掌管教会，维护教会的秩序、道德和纪律，其人选由教堂的全体教徒选举产生；牧师则由长老们聘任，在长老们的委托下管理教会的教务工作；教师负责讲解《圣经》；执事则掌管教会的慈善机关。上述四种人又称为“监督”， 约翰·加尔文认为初期基督教会本是这种民主和简单的组织，在教皇制出现后遭到破坏，应该恢复基督教初期的原始面貌。
虽然新教各教派的理论学说互存差异，但是基本信仰却是一致的，即《圣经》（尤其是“新约”）是基督教的最高教义和准则，每一位基督徒最重要的工作是查经；每一位基督徒都可以独自与神沟通，强调信徒的自主性和独立性；教会都独立自主，弱化教会权威和宗教仪式；个人要对自己的救赎负责；教会不参与政治；强调教会为信徒服务的理念。