我司员工小张原是A公司员工,但与我公司签订了合作协议,协议中写明了负责我司贸易类业务,自协议生效起任公司副总经理一职,享受公司任何福利待遇。协议签订时间为2012年6月。今年我司将跟所有员工签订劳动合同,此员工认为“以合作的形式主导贸易部的运营。因此,在合作协议有效期内,不应再额外签署劳动合同",请问我司与他签订劳动合同与那份协议有没有冲突。该怎么解决?