鸭的禽流感潜伏期变化很大，短的几小时，长的可达数天。这取决于病毒株的强弱、感染剂量、感染途径和有无合并症以及鸭的品种、年龄等。其中番鸭无论是雏番鸭、青年番鸭或成年番鸭均有很高的发病率和死亡率，其次是家养的雏野鸭、雏蛋鸭和肉鸭，而产蛋鸭主要表现为大幅度减蛋。有些雏鸭感染后，无明显症状，很快死亡，但多数病鸭会出现呼吸道症状。病初打喷嚏，鼻腔内有浆液性或黏液性分泌液，鼻孔经常堵塞，呼吸困难，常有摆头、张口喘气症状。一侧或两侧眶下窦肿胀。有些病鸭腿软无力，不能站立，伏卧地上。慢性病例，羽毛松乱，消瘦，生长发育缓慢。
产蛋鸭感染后数天内产蛋量迅速下降，有的鸭群产蛋率由90%以上可降到10%以下或停产。发病期常产仅为正常蛋的1/2～1/4重量的小型蛋、畸形蛋。虽然蛋黄小，但肉眼看不出蛋黄和蛋清的变化。