另外两块分别变成了石矶娘娘和贾宝玉。但是另外两块石头的结局明显没有第一块变成孙悟空的那块石头要好，石矶娘娘和贾宝玉的结局都是比较悲惨的。
当时根据中国古代传说就有女娲用七彩石来补天的说法。当时女娲所用的器材时并没有用完还剩下三块石头。这三块石头都吸收了天地间的灵气，已经渐渐的生出心智。第一块石头孕育出来的就是孙悟空。当时孙悟空是从一块神石里直接蹦出来的，他并没有父母可以说是吸收了天地的灵气。再加上他后来跟随唐僧到西天取经最终成为了战斗圣佛。可以说虽然当初他被如来佛祖镇压在五行山下，但是最后却功德圆满。
第二块灵石孕育出来的是石矶娘娘。根据《封神演义》的记载，石矶娘娘本身就是女娲补天剩下来的石头之一。当时石矶娘娘为了能够增加自己的修为，可以说一直在暗处修炼。但是可惜她本身就是一个反面人物，并不能得到一个非常圆满的结局。
第三块儿灵石孕育出来的是贾宝玉。根据《红楼梦》的记载，当初女娲在补天之后有一块儿灵石不慎丢失，这一块儿灵石就落在了青埂峰上，这块灵石由于时间的推移慢慢的已经有了灵性。当时他化成人形与仙草互生情愫，所以被天帝打入凡间，他们转世成为了贾宝玉和林黛玉。所以贾宝玉的前世就是这一块灵石。
女娲补天可不止剩下3块石头，在辽宁就发现了1500个炼五色神石的坩埚，5000多年前她骑着大乌龟补天，最后剩下的东西多了去了，民间也是流传着各种版本的传说，就算你从臭水沟里随便捡块儿石头，说它是补天石，也没人敢100%的否定。关于这一大堆的传说之中，比较出名的就有3块石头，其一是灵明石猴孙悟空，其二是万年石妖石矶娘娘，其三是通灵宝玉贾宝玉。
01、仙石：家喻户晓的美猴王孙悟空
孙悟空的名号是妇孺皆知的，他算是我国神话之中的一个经典符号。当年吴承恩老爷子在塑造这个角色的时候，就给他赋予了一个牛逼的身世背景，那就是女娲补天留下来的五彩神石，这样一块仙石，吸收了天地灵气、日月精华，孕育出来了一个崭新的生命。
这个生命从石头里蹦出来的时候，甚至放出来一道惊天地、泣鬼神的华丽光芒，让三界都大为震惊。于是乎，后面孙悟空的一系列传奇经历，就显得非常的顺理成章，这也是混的最为出名的一块补天石了。
02、妖石：苦逼龙套石矶娘娘
同样都是补天石，但是每块石头的命运却是不同的，看看孙悟空混的多好，再对比下可怜的石矶娘娘，简直不要太惨。
看过动画片《哪吒传奇》的人，尤其是90后，会觉得石矶娘娘不就是个大魔头么，申公豹是她的手下，他俩在纣王身边煽风点火，作乱天下，可谓是恶贯满盈。幸亏有我们的英雄小哪吒，才把她消灭。
但是呢，在原著《封神演义》之中，可不是这么回事，哪吒并不是动画片里那般天真善良，而是一个标准的熊孩子，他出生时犯了1700杀劫，注定要闯出许多弥天大祸。
而石矶娘娘就是个冤大头，她原本是女娲补天剩下来的一块大石头，跟孙悟空一样得天地造化孕育出了生命，她不干坏事，既不跑天庭去闹，又不潜入龙宫夺法宝，就安安生生的宅在骷髅山白骨洞里，是一个标准的老实人。可就是这样一个安分和善的人，偏偏摊上了哪吒师徒这一对催命鬼。
让我们跟随者记着的镜头，来回顾下这起惨案：
案发当天，白骨洞的居民石矶娘娘在家修炼，突然“人在家中坐，祸从天上来”，她的看门童子就中了一箭，当场失去生命。当事人家属石矶娘娘根据线索，找到了哪吒家中，并且和善的向哪吒讲道理，讨要说法。但是犯罪嫌疑人哪吒拒不认错，反而伙同其师父，将石矶打成重伤，最终不治身亡。
事后，姜子牙查明真相，决定补偿受害者，追封石矶为“月游星君”。
03、凡石：荣国府贾政之子贾宝玉
贾宝玉是《红楼梦》的男一号，他的来历自然也是不同凡响，在这本书中写道，当初女娲补天用了36501块石头，收工的时候发现还剩下1块多余的，这块石头在青埂峰修炼成了人形，然后被封为仙宫之中的神瑛侍者，这个侍者虽然成为人形，但本质上还是一块石头，所以它爱上了一颗草，这颗草也不是一般的草，它是绛珠仙草，于是它俩就互生好感，产生了一段姻缘。
机遇巧合之下，这一石一草被带入凡间，分别转世成了贾宝玉和林黛玉，贾宝玉出生的时候，就衔有通灵宝玉，所以他的名字里也带有“宝玉”2个字。
故事的最后，贾宝玉历劫结束，又变回了青埂峰的石头，这块大石头上面还写着《红楼梦》的原稿，等待着有缘人发现，把它的故事传唱于世。
04、一座巨型金字塔和1500个坩埚
以上的3块石头其实都是虚构的，只不过它们的名气太大，才被众人所认可，要说真实，还是得看考古发现。
在辽宁牛河梁地区，人们发现了一个很有年头的遗址，它最起码有5000年以上的年头，其中有一座金字塔尤为的特殊，它极有可能是女娲补天故事的原型。因为在这座金字塔里发现了1500个坩埚，一件无足的的玉龟，一件陶土材质的女神像。
这些发现与《淮南子·览冥训》、《列子·汤问》里记载的“炼五色石以补苍天，断鳌足以立四极”非常吻合，很容易让人联想到女娲补天的故事。
要知道古代人的神话传说，大多都是有现实事件原型的，他们不可能凭空捏造出一段历史来，对真实事件进行描述，再把当时不能理解的现象归结于鬼神，加以膜拜和传颂，才符合他们的逻辑。
根据天文学的记载，5000多年前，山西北部的上空有一颗彗星爆炸，这种现象，当时的人们看来就是“天漏了一大块”。因此，我们可以大胆的进行合理性的推测，当时部落里的人们聚在一起，进行“补天”仪式，祈祷灾难尽快度过。
而之后这件事就慢慢地演化成玄之又玄的神话传说，也由此衍生了无数的故事，为人们所津津乐道。
据说剩下的两块石头，一块变成了石矶娘娘，另一块则变成了泰山石敢当，还有一说是，一块变成了石矶娘娘，另一个变成了贾宝玉。但是根据资料显示，只有泰山石敢当和贾宝玉有“女娲娘娘补天神石所化”的记载，石矶娘娘并没有相关的记载，可见，应当是一化石敢当，另一个化作了贾宝玉吧。
其实女娲娘娘补天的故事中，女娲娘娘总共炼制五色神石36501块，用了36500块，还剩下一块，而不是三块。但是后期的小说家们大概是为了给自己的角色增加一些金手指，所以都会将自己的角色赋予“五色神石”所化这一身份，所以就出来了很多相关的传说，还有一些趁机混淆视听的。
一、“混淆视听”的石矶娘娘
我们都记得《哪吒传奇》和《封神榜》中的石矶娘娘吧，因为被哪吒一箭射死了道童，跑去找哪吒讨公道，哪吒打不过她，求助于师傅太乙真人，太乙真人将其真身烧出，最后石矶娘娘登入封神榜，被封为“月游星”。而这个石矶娘娘本体是个石头，据说这个石头生于玄黄之外，吸天地之精华，被天地间自然滋生的风雨雷电淬炼，成道数千年之久，而后被通天教主收为弟子。
二、“正直勇敢”的泰山石敢当
泰山石敢当这个，可不是哪本小说里面塑造的人物，而是自古就在民间流传的神话。石敢当位于泰山，自古时候其，大家就认为，泰山石可以祛灾避难。早在西汉时期，就有文献记载，说是石敢当是驱鬼避邪的神灵。据说是当时，女娲娘娘看见还剩下一块补天石，怕浪费，于是取了金刚护法的精魂放入石中。
石头主体被放置泰山顶端，而其余的碎掉的石头边角料，便被随手撒入林间、水中。如果有缘人探寻得到，石敢当就会伴随着他，替他消灾避难，趋吉避凶。如果得到相关法门，可以催动石敢当内的灵力，就可以根据持有者不同，展现出不同的力量，还有俗语记载“石敢当，镇百鬼，厌灾殃。官吏福，百姓康。风教盛，礼乐张。” 。
三、“神瑛侍者”贾宝玉
我国四大名著之一的《红楼梦》中的男主角贾宝玉，也是被编了个女娲补天灵石所化的身份，大抵是曹雪芹想要增加贾宝玉的身份重量，又想要使得文字稍微玄幻一些，所以这样设置的。据说当时，女娲娘娘补天剩下一块五彩石，于是就将其放在了青埂峰下。
因为五彩石都被女娲娘娘锻造过，所以通了灵性，它自行修炼，最后幻化成人形。当时太虚幻境的警示仙子让其成为赤霞宫的神瑛侍者，但他和林黛玉的前世绛珠仙草许下盟约，最后堕入凡间，历经一世劫难后，重新化为神石。石上刻有文字，于是名为《石头记》。
这就是关于五色神石下落的说法，虽众说纷纭，但是我还是属意五色神石化为石敢当这一说法。
本回答被网友采纳女娲娘娘补天后，剩下的三块石头，一块成了孙悟空，一块变成了石矶娘娘，还有一块则掉落在青埂峰下，最后成为了贾宝玉。幻化成形的孙悟空，保护唐僧西天取经，幻化成形的石矶娘娘，被姜太公封为了“月游星”，幻化成形的贾宝玉，和林黛玉之间发生了一段纠缠的爱情故事。
第一块石头
女娲娘娘掉落人间的第一块石头，在吸收了天地间的日月精华后，成功地幻化成形。只是并没有变成个人类，而是成为了一只“石猴”。他征服了花果山之后，拜菩提老祖为师，学了一番能力。玉帝害怕他出什么幺蛾子，召他上天做官，其实也是为了监视他。只是最后孙悟空自己大闹天宫，被压在五指山下五百年，最后不得不保护唐三藏西天取经。
第二块石头
第二块石头幻化成形后的形象，说起来也是家喻户晓的，那就是石矶娘娘。只是石矶娘娘一开始幻化成形后，她却成为了一个比较坏的形象。加上哪吒在城楼上玩弓和箭的时候，不小心射杀了石矶娘娘的座下童子，石矶娘娘就一直视哪吒为敌人。哪吒在历史上是一个正面的形象，石矶娘娘和她作对，所以大家就一直都认为石矶娘娘是个反派角色。
第三块石头
这第三块石头丢过在人间的青埂峰下，这块石头也通过吸收日月精华，已经有了意识。经过仙子的指点，他成为了太虚幻境的一位侍者。在太虚幻境里的时候，这块玉和一株绛珠仙草有了一段割舍不了的缘分。最后这块玉还是到了人间，变成了贾宝玉。当初的那株绛珠仙草则成为了林黛玉，两人在凡间谱写了一段凄美的爱情故事。