林奈在生物学中最主要工作是建立了人为分类体系和双名制命名法。林奈把自然界分为三界，即动物界、植物界和矿物界。对于植物界，林奈依据雄蕊和雌蕊的类型、数量及大小等特征，还有蕊的排列顺序，种种条件把植物分为24纲、116目、1000多个属和100000多个种。林奈首创了纲、目、属、种的概念。
林奈把人为分类法运用到动物界。1746年他出版《瑞典动物志》。在此书中，林奈将动物分为6大纲：鸟纲、两栖纲、哺乳纲、鱼纲、昆虫纲、蠕虫纲。他发现，人与类人猿在身体构造上具有相似性，所以把人与猿归入同一个属中。林奈成为生物学发展的里程碑，并成为近代以来首先确定人类在动物界的第一人。