1、盘模式不同
USB-FDD是模拟软盘模式，USB-HDD是硬盘模式。一般的软盘都可以用USB-FDD这个模式来启动，移动硬盘都可以用USB-HDD这种方式启动。
下面是具体解释： FDD全称：floppy disk Drive也就是我们以前使用的 软驱磁盘驱动器。现在已经淘汰。但是我们在给以前的老机子安装系统的时候会发现。以前的机子没有光驱，也不支持USB-HDD。只有USB-FDD因此我们不得使用USB-FDD。
2、启动后盘符不同
FDD模式是指把U盘模拟成软驱模式，启动后U盘以后电脑会把优盘看做是软盘。因此会在命令行上显示盘符是A:。 这个模式的U盘在一些支持USB-FDD启动的机器上启动时会找不到U盘，所以请酌情使用。
USB-HDD （即 USB Hard Drives 的缩写，硬盘模式）： 启动后U盘的盘符是C。（注意：这个模式在安装系统时容易混淆U盘和硬盘的C分区）
3、兼容性强度不同
USB-HDD硬盘仿真模式，此模式兼容性很高，但对于一些只支持USB-ZIP模式的电脑则无法启动。HPUSBFW工具制作的U盘即采用此启动模式。USB-FDD是模拟软盘模式，此模式兼容性相对较低。所以比较一下，还是HDD兼容性强大。
扩展资料：
还有一种USB ZIP
USB-ZIP大容量软盘仿真模式，此模式在一些比较老的电脑上是唯一可选的模式，但对大部分新电脑来说兼容性不好，特别是2GB以上的大容量U盘。
USB-ZIP（大软盘模式）： 启动后U盘的盘符是A；
USB-ZIP大容量软盘仿真模式，此模式在一些比较老的电脑上是唯一可选的模式，但对大部分新电脑来说兼容性不好，特别是2GB以上的大容量U盘。FlashBoot制作的USB-ZIP启动U盘即采用此模式。
USB-ZIP+是增强的USB-ZIP模式，在DOS启动后显示A:盘，有些显示C:盘(根据电脑的BIOS支持情况不同)，支持USB-ZIP/USB-HDD双模式启动，从而达到很高的兼容性。其缺点在于有些支持USB-HDD的电脑会将此模式的U盘认为是USB-ZIP来启动，从而导致大容量U盘的性能有所降低。
参考资料来源：百度百科:USB-FDD
参考资料来源：百度百科:USB-HDD