厄尔尼诺发生时可分四个阶段，即发生期、发展期、维持期和衰减期。一般情况下，其历时一年左右，当海水温度发生变化后，大气温度也随之发生变化。
厄尔尼诺产生的影响是巨大的，对我国也有很大的影响。首先是台风减少，厄尔尼诺现象发生后，台风的产生次数及在我国沿海登陆次数均较正常年份减少。其次是我国北方夏季易发生高温、干旱的，而这些通常是在厄尔尼诺现象发生的当年都会出现。由于我国的夏季风较弱，而且季风雨带又比较偏南，基本上位于我国中部或长江以南地区，所以我国北方地区夏季往往容易出现干旱、高温。而在强厄尔尼诺发生后，这种干旱和高温的程度会加剧。
厄尔尼诺还会使我国南方降雨增多，使南方地区易发生低温、洪涝。在厄尔尼诺现象发生后的次年，在我国南方，包括长江流域和江南地区，容易出现洪涝，近百年来发生在我国的严重洪水，如1931年、1954年和1998年，都发生在厄尔尼诺年的次年。尤其是在1998年发生的一次特大洪水，厄尔尼诺便是影响因素之一。此外，我国北方地区出现暖冬的年份，也常常发生在厄尔尼诺出现之后。