紫药水是一种基于三苯甲烷类染料的消毒剂，其工作原理是通过与微生物的酶系统产生氢离子的竞争性对抗，使酶失去活性，从而起到杀菌效果。它主要针对革兰阳性菌，如葡萄球菌和白喉杆菌，以及铜绿假单胞菌、白色念珠菌和表皮癣菌，展现出良好的杀菌作用。然而，对于革兰阴性菌和抗酸菌，其作用效果则相对较弱。
值得注意的是，有研究指出，如果甲紫被动物全身性或系统性吸收，可能引发致癌风险。因此，紫药水在使用上的规定非常严格，它通常仅限于用于局部皮肤的消毒，且绝对禁止内服。在使用时必须严格遵守这些安全措施，以确保使用者的安全。
紫药水是临床常用的皮肤粘膜消毒剂，具有较强的杀菌及收敛作用，但使用不当时也会产生许多副作用。