结合我国商业银行实际，应当按照全面性、审慎性、有效性、独立性的原则构建我国商业银行内部控制的运行机制，以有效防范、控制危机。
1、要针对重点构筑监控防线。商业银行内部控制的重点部位为:会计、出纳、储蓄、信贷、计算机、信用卡、资金清算等；商业银行内部控制的重要环节是：往来账务、尾箱经营管理、票据交换、重要单证、印章及操作口令、贷款审批、信用卡授信、抵债资产处置、商业银行内部控制的重点机构和人员；基层网点、办事处、分理处、储蓄所、营业部及其负责人等。因此，应在明确内控重点的基础上，设立顺序递进的三道监控防线，以实现立体交叉控制效果。第一道自控防线为一线岗位制度落实状况；第二道防线为相关部门、岗位间相互监督制约制度落实状况；第三道监控防线为内部监督部门对各部门、各岗位、各项业务全面实施监督反馈制度落实状况。实行适当的责任分离制度，建立重点岗位人员轮换及强制休假制度。加强业务操作的事后检查，健全商业银行内部授权审批机制，保证资产运用的安全性和盈利性。
2、建立预警预报与应急应变措施。为了早期预知可能出现的错误和问题，及时发现问题，防范于未然，减少失误和损失，商业银行应当围绕经营行为、业务经营管理、危机防范、资产安全建立定期的业务解析、信贷资产质量评价、资金运用危机评估制度；健全内部控制系统的评审和反馈；及时对带有苗头性、倾向性问题实行危机预测、预报，并根据可能出现的可能会影响商业银行正常营运的各类事件、各个重要部门、营业网点等制订出切实的应急应变步骤与措施，从而把业务危机降到最低。
3、提高内部控制的经营管理与监督能力。内部稽核制度是银行内控的最后一道防线，是对控制的再控制。首先必须确立稽核工作的权威性地位，实行垂直领导，真正形成稽核监督部门的威慑力量。其次，要切实根据需要强化稽核监督职能，起到抓关键、带全面的效果。同时，要实行稽核处罚制和稽核告诫制，发现违章违规问题要按严格规范实行处罚，防止稽核检查走过场。对稽核部门的内部经营管理实行主稽人负责制，对稽核人员实行问责制等经营管理办法。最后，要不断提高稽核人员业务素质，要不断吸纳熟悉金融法规和制度规范，具备丰富工作经验和综合解析能力的人员从事稽核工作，并采取经常性培训制度，更新知识结构，使稽核人员能适应新形势，确保内控制度的全面执行。
此外，要强化职能部门的经营管理责任，要建立职能部门经营管理责任追究制，要坚决纠正上级行对下级行只经营管理，出了事不负责的现象，下级行出了问题，上级行职能部门必须承担相应的经营管理责任。
4、加强商业银行内部控制的贯彻落实工作。商业银行要贯彻落实好内部控制，就必须通过培养、考试、考核等方式，使员工理解相关内部控制制度，掌握、熟悉岗位操作规范，具体的说，要监督做好以下工作：
(1)业务授权经营管理工作。严格按照业务授权实行经营行为，不得超越权限经营。
(2)重要岗位经营管理工作。强化不相融岗位之间的制约。
(3)银行承兑汇票经营管理工作。票据业务的开展必须严格遵守操作规程。
(4)计算机及网络安全经营管理工作。重点加强计算机口令和数据库访问权限的安全经营管理，按有关要求对网络和系统运行的各个环节实行安全监控。
(5)财务经营管理工作。实行报账制，重点加强对出租资产以及抵债物处置的经营管理和监督。
(6)大额资金转账和提现经营管理工作。重点加强对前台、后台和支付环节的复核、监督和检查，对大额可疑资金建立严格的审查制度，堵住漏洞。
(7)印章、重要单证和账户对账经营管理工作。加强对各种重要凭证、印押的经营管理，建立严密的保管、使用和责任制制度。
(8)干部员工廉洁从业经营管理工作。问题一经发现，即按规范严肃处理，决不姑息。
总之，商业银行内部控制工作，贯穿于商业银行经营管理行为的始终，涉及银行业务的各个环节，如何不断推进和完善商业内部控制建设，防范商业银行经营危机，提高商业银行经营效益，仍需进一步深入探索，更是今后一个时期面临的一项急迫任务，我国商业银行也迫切需要转变思想观念，以适应现代商业银行制度的要求，尽早与国际银行业的内部控制模式接轨，以达到防范危机，保证商业银行总体经营目标的顺利实现。