吴中区城管局的内设机构主要负责各个领域的管理工作，以下是各科室的主要职责：
1. 办公室(法制科)
负责综合协调、对外联络，以及会议组织等机关内部事务。
负责公文处理、文印、信息管理等工作，包括处理人大代表建议和政协委员提案。
人事管理，包括干部考核、工资福利、退休工作等。
负责宣传、信息发布，建设和管理局域网、网站。
负责党建、信访、保密、接待、爱国卫生等工作。
管理行政事务、车辆、设施及食堂。
2. 法制科
负责城市管理规范性文件的起草、审查和报批，以及法制宣传和依法行政工作。
负责行政处罚、行政诉讼和行政复议等工作。
组织普法活动，落实法治工作要求。
3. 市容管理科
落实市容环卫责任区制度，组织市容整治活动和考核。
监督和管理市容环境，参与临时占道审批和管理工作。
4. 综合管理科
负责城市景观照明、绿化建设和管理。
参与市政设施验收和行政许可事项的管理工作。
5. 执法管理科
负责城管队伍建设和业务指导，组织执法培训和行动方案制定。
6. 效能督查科
负责机关效能建设和政风行风监督，以及重要任务的督查。
7. 财务管理科
8. 纪检监察室
负责纪律检查和行政监察，受理投诉，监督党风廉政建设。