公司购买房屋的房产税应该是按照房产余值进行计算的，适用的税率为房屋总额的1.2%，在房屋交易的过程当中，所需要支付的税费，还包括有以下的这几种：
1、契税按照房屋总额的3%来收取。
2、营业税是房屋总额的5.5%。
3、土地增值税是房屋总额的6%。
4、按照房屋总额的1%收取个人所得税。
5、印花税是房屋总额的0.05%。
以公司名义买房的好处和坏处：
1、不受当地限购政策，且作为公司的资产，还能够减少公司所得税。
2、因为是以公司的名义来购房，所以房屋的产权归属于公司所有，员工只能够有使用的权利。
3、公司名义买房需要全款一次性付清，而且还需要缴纳房产税，土地使用税，并且不能够享受契税的优惠政策。
4、公司购买不能商业贷款，只能待产证出具后办理持证抵押，年限与利率都有别于商业贷款。
吉屋房产百科，更多买房必须知识