1、职位层级不同
从“乡镇公务员”的概念我们可以看出：乡镇公务员就是在乡镇级政府部门工作的，行使国家行政权利、执行国家公务的政务类公务员和业务类公务员。
从性质上，国家，省直，市直，乡镇公务员没有什么区别，都是行使国家行政权力、执行国家公务的人员。区别在于职位层级上。
（以下信息来源于百度百科）
公务员领导职务层次与级别的对应关系：
国家级正职：一级
国家级副职：二级至四级
省部级正职：四级至八级
省部级副职：六级至十级
厅局级正职：八级至十三级
厅局级副职：十级至十五级
县处级正职：十二级至十八级
县处级副职：十四级至二十级
乡科级正职：十六级至二十二级
乡科级副职：十七级至二十四级
股所级正职：十八级至二十六级
股所级副职：十九级至二十七级
综合管理类公务员与级别的对应关系：
巡视员：八级至十三级；（相当于正厅局级）
副巡视员：十级至十五级；
调研员：十二级至十八级；（相当于正县处级）
副调研员：十四级至二十级；
主任科员：十六级至二十二级；（相当于正乡科级）
副主任科员：十七级至二十四级；
科员：十八级至二十六级；（相当于正村股级）
办事员：十九级至二十七级
注：股级（股所级）并非公务员正式行政级别。
2、工资待遇不同
首先，工资发放方有所区别，省级单位由省财政厅拨款。市级单位，由市财政局拨款。和县（区）级，由县区财政局拨款。乡镇级单位，由乡镇财政所拨款。同时，拨款工资也看地方财政收入状况，如果经济条件比较好的乡镇，公务员的工资待遇会好很多;相反，则工资也会受到一定影响。
其次，由于等级的不同也有着不同的收入待遇与补贴。所以，这也就是大家为什么都想往上爬的原因。
3、工作内容和强度不同
乡镇公务员相比于省市直公务员来讲，工作上更加繁杂，因为乡镇公务员的配编不如省市直多，有些地方除了领导就剩刚考上的新人了，工作可能包括比如自然灾害、人为事故处理，矛盾纠纷及信访事件处置等等，这些没准都仅仅是1个人负责或者2个人负责，不像省市直公务员各自有各自的分工。而且，乡镇公务员的工作主要面向的是广大基层老百姓、农民等，事情多半很杂乱，身兼数职，忙得焦头烂额，周末不一定会有时间休息。当然如果工作不忙的时候，也有清闲的时候，不会是365天，天天都忙到不可开交。