因为当时的明朝还有更重要的事要做，北方的蒙古依然蠢蠢欲动，西南边陲的动乱也没有得到解决，这些事比攻打日本更重要。明朝刚刚建立，不能再经历较大的战争，所以刘伯温才阻止朱元璋灭日本。元朝末年在政府黑暗统治下，渐渐走向衰败，各地农民起义纷纷爆发，最后由朱元璋领导的农民起义推翻元朝的统治，建立大明王朝，朱元璋自此成为草根逆袭的代表人物。明朝建立以后，并没有真正意义上的做到大统一，北方还有隐患。然而，一个依靠战争建立起来的王朝，更需要的是休养生息，给老百姓踹气的机会。
如今朱元璋派人前去访问，却被无视，我国大国颜面何在？但是就因此而动兵未免兴师动众，不符合大国形象，于是第二年又写封国书，派遣7比特使者前去。7比特使臣到达日本后，将国书递给怀良亲王。怀良亲王看到国书后，感觉到自己被赤裸裸地威胁，武夫出生的怀亲良亲王好战而勇猛，哪里会怕朱元璋的威胁？一气之下竟将我国五位使者都杀了，留两名回去告诉朱元璋以显自己不怕他的威胁，但是那两位也得关押数天，才能放回明朝。
元朝在第二次攻打日本的时候，除了准备二十万大军之外，并且还让当地的渔民做向导。虽说这次元朝的准备很充分，但是日本在面对元朝的攻击的时候，也已经做好了应战的准备。而这次的日本不仅在海岛上修建了石墙，而且还改良了他们的弓箭等设备。甚至在作战的时候，元朝遇到了台风，而台风的情况一次比一次强，等到台风停止后，元朝的军人只剩下了几千人。元朝在攻打日本的时候，还是元朝最强盛的时候，所以对于朱元璋刚刚建立的明朝来说，此时的明朝还处于经济的恢复期。很多的东西因为战争的关系都遭到了破坏，而且这时候对于明朝来说，最好的管道便是休养生息。
日本地形非常的小，即使当时日本发展起来也很难组织军队打败明朝。对于明朝来说，其实根本就不必把日本当成是自己的敌人，因为这个国家的土地非常的小，即使当时发展起来也不会影响到明朝的统治，也不会给明朝带来危险，当时刘伯温建议朱元璋等到自己国家水军实力逐渐强悍起来之后，再去攻打日本。