法律分析：首先，对于该笔手续费的用途也是有明确规定的：
1、《财政部国家税务总局中国人民银行关于进一步加强代扣代收代征税款手续费管理的通知》（财行[2005]365号）“（六）‘三代’单位所取得的手续费收入应该单独核算，计入本单位收入，用于‘三代’管理支出，也可以适当奖励相关工作人员” 。
2、《个人所得税代扣代缴暂行办法》（国税发[1995]065号）规定“对扣缴义务人按照所扣缴的税款，付给2%的手续费。扣缴义务人可将其用于代扣代缴费用开支和奖励代扣代缴工作做得较好的办税人员。”
根据上述文件规定，对于企业取得代扣个人所得税代手续费返还，从用途上讲应该有两种，一种是用于代扣代缴工作的管理性支出，另一种是用于奖励有关工作人员。
关于个人取得该笔手续费的个人所得税的相关规定：
1、《财政部国家税务总局关于个人所得税若干政策问题的通知》（财税字[1994]20号）“二、下列所得，暂免征收个人所得税：（五）个人办理代扣代缴税款手续，按规定取得的扣缴手续费。”
2、《国家税务总局关于代扣代缴储蓄存款利息所得个人所得税手续费收入征免税问题的通知》（国税发[2001]31号）第二条规定“储蓄机构内从事代扣代缴工作的办税人员取得的扣缴利息税手续费所得免征个人所得税。”
应该说，上述两个规定已经足以说明对于免征个人所得税的手续费也应仅指办理代扣代缴手续的相关人员按规定所取得的扣缴手续费，而如果公司将此款项作为奖金或者集体福利性质奖励给非相关人员则应并入员工当期工资薪金计征个人所得税。
法律依据：《中华人民共和国个人所得税法》
第二条 下列各项个人所得，应当缴纳个人所得税：
（一）工资、薪金所得；
（二）劳务报酬所得；
（三）稿酬所得；
（四）特许权使用费所得；
（五）经营所得；
（六）利息、股息、红利所得；
（七）财产租赁所得；
（八）财产转让所得；
（九）偶然所得。
居民个人取得前款第一项至第四项所得（以下称综合所得），按纳税年度合并计算个人所得税；非居民个人取得前款第一项至第四项所得，按月或者按次分项计算个人所得税。纳税人取得前款第五项至第九项所得，依照本法规定分别计算个人所得税。
第十四条 扣缴义务人每月或者每次预扣、代扣的税款，应当在次月十五日内缴入国库，并向税务机关报送扣缴个人所得税申报表。
纳税人办理汇算清缴退税或者扣缴义务人为纳税人办理汇算清缴退税的，税务机关审核后，按照国库管理的有关规定办理退税。