在2001年以来，欧晓昆教授在科研工作中取得了显著成果，主持和参与了多个国际和国内合作项目，涵盖了生物多样性保护、生态管理、空间信息技术、环境影响评价等多个领域，为生态保护和可持续发展作出了重要贡献。以下是对欧晓昆教授科研工作的一个概述。
在国际合作课题方面，欧晓昆教授主持了“滇西北地区保护与发展行动计划”（1998-2001），作为生物多样性保护模块的负责人及协调人，该项目旨在保护滇西北地区的生物多样性，总经费为40万。此外，他还主持了“梅里雪山植被多样性研究”项目（2001-2002），研究经费为12.5万，项目已成功完成。该项目团队成员包括王崇云副教授、张志明、吴玉成等。
在另一国际合作项目中，欧晓昆教授参与了“建立生态管理与空间信息技术中心”项目（2002.10.-2007.10），项目总经费为160万，作为项目负责人之一，他与党承林、张志明、杨明玉、王崇云、彭明春等成员一起推动了项目的发展。
作为“国家重点基础研究项目（973）”的课题负责人之一，欧晓昆教授参与了“纵向岭谷区生态系统格局及其变化”研究（2003CB415102），项目经费为500万，旨在深入研究生态系统格局及其变化过程。该项目由何大明教授担任首席，参与单位包括中科院昆明植物所、中科院双版纳热带植物园、中国环境科学院、西南林学院等。课题已顺利通过中期检查，正在进行中。
在云南省财政支持项目中，欧晓昆教授负责建立了联合国教科文组织生态技术教席（云财教[2004]272号），旨在通过科研和培训活动，利用联合国教科文组织的支持，将该中心建设成为面向中国西部和东南亚国家的生态技术教席。同时，他还参与了“云南省世界遗产数据中心的建设研究”项目（云财教[2005]220号），该项目由长聘专家、美国世界自然遗产数据库创始人之一的Hardy Wieting 博士负责建设，成员包括蒋斌、张志明、王崇云、彭声静、Ms. Xu Ling等。
在联合国教科文组织项目中，欧晓昆教授参与了“岗曲河流域规划环境影响评价研究”（Contract No. 861.377.5），该项目旨在评估岗曲河流域规划对环境的影响，经费为8000美元，主要完成人员包括张志明、彭声静、蒋斌、王恒颖、杨俊、孙振华等，项目已成功完成并提供了报告给教科文组织。
在学科和实验室建设方面，欧晓昆教授作为云南大学国家级生态学重点学科建设组主要成员之一（2002年获准建成），以及云南大学生命科学学院学术委员会成员，为学科发展和学术研究做出了重要贡献。此外，他还担任了中比合作“生态管理与空间信息技术中心”负责人和云南大学世界自然遗产数据中心负责人，为推动相关领域的研究和教育工作起到了关键作用。
云南大学生态学与地植物学研究所所长，博士、教授、博导。联合国教科文组织云南大学生态技术教席主持人、云南大学环境咨询评价中心主任。