主要区别是，意思不同、引证解释不同、成语用法不同，具体如下：
一、意思不同
1、不知不觉
意思是没有意识到，没有觉察到。
2、潜移默化
意思是指人的思想或性格不知不觉受到感染、影响而发生了变化。
二、引证解释不同
1、不知不觉
曹禺《王昭君》第二幕：他的残忍和狠毒，时而不知不觉地在老人面前显露出来。
2、潜移默化
巴金《随想录》：“我对先生的敬爱越深。我的思想，我的态度也在逐渐变化。我感觉到所谓潜移默化的力量了。”
三、成语用法不同
1、不知不觉
联合式，作谓语、定语。形容无意识的。
2、潜移默化
联合式，作定语、状语。用于人的思想、作风等。
参考资料来源：百度百科-不知不觉
参考资料来源：百度百科-潜移默化