高脂血症的病因，基本上可分为两大类，即原发性高脂血症和继发性高脂血症。原发性高脂血症是脂质和脂蛋白代谢先天性缺陷（家族性）以及某些环境因素通过各种机制所引起的。这些环境因素包括饮食和药物等。
（1）遗传因素。遗传可通过多种机制引起高脂血症，某些可能发生在细胞水平上，主要表现为细胞表面脂蛋白受体缺陷以及细胞内某些酶的缺陷（如脂蛋白酯酶的缺陷或缺乏），也可发生在脂蛋白或载脂蛋白的分子上，多由于基因缺陷引起。
据报道，Ⅰ～Ⅴ型高脂血症都可以发生遗传，但国内临床上最常遇到的是Ⅱ型，即家族性高胆固醇血症。仅上海地区就已发现了十多个家族的几十位患者。复旦大学中山医院曾对1 例家族性高胆固醇血症的死亡病例进行尸体解剖，发现死者主动脉内膜表面到处是粥样斑块，就如同涂上一层厚厚的奶油蛋糕，在患者的心脏中也发现有多处心肌梗死的“遗迹”。有资料报道，国外有这样的患者3 岁就死于心肌梗死。这些病例有不少见于近亲结婚者，非近亲结婚可有效地遏制其发生。
（2）饮食因素。饮食因素作用比较复杂，高脂蛋白血症患者中有相当大的比例是与饮食因素密切相关。糖类摄入过多，可影响胰岛素分泌，加速肝脏极低密度脂蛋白的合成，易引起高三酰甘油血症。
胆固醇和动物脂肪摄入过多与高胆固醇血症形成有关，其他膳食成分（如长期摄入过量的蛋白质、脂肪、糖类以及膳食纤维摄入过少等）
也与本病发生有关。
继发性高脂血症系指由于其他原发疾病所引起者，这些疾病包括糖尿病、肝病、甲状腺疾病、肾脏疾病、胰腺疾病、肥胖病、糖原累积病、痛风、艾迪生病、库欣综合征、异常球蛋白血症等。继发性高脂血症在临床上相当多见，如不详细检查，则其原发疾病常可被忽略，治标而未治其本，不能从根本上解决问题，对治疗不利。