新《公司法》对股东权益的保护实际上主要体现在赋予了股东更多权利，股东通过权利的行使来维护自身的权利。
对公司提供担保的表决权。第十六条规定：公司为公司股东或者实际控制人提供担保的，必须经股东会或者股东大会决议。
请求撤销权。第二十二条规定“股东会或者股东大会、董事会的会议召集程序、表决方式违反法律、行政法规或者公司章程，或者决议内容违反公司章程的，股东可以自决议作出之日起六十日内，请求人民法院撤销。”这不仅是对程序公正的肯定，更是赋予股东监督相关会议的召开，维护自身权益的权利。
降低了设立公司的门槛。第二十六条规定“有限责任公司的注册资本为在公司登记机关登记的全体股东认缴的出资额。公司全体股东的首次出资额不得低于注册资本的百分之二十，也不得低于法定的注册资本最低限额，其余部分由股东自公司成立之日起两年内缴足；其中，投资公司可以在五年内缴足。
查阅权。第三十四条规定“股东有权查阅、复制公司章程、股东会会议记录、董事会会议决议、监事会会议决议和财务会计报告。
享受分红的权利和认缴新出资的权利。第三十五条规定“股东按照实缴的出资比例分取红利；公司新增资本时，股东有权优先按照实缴的出资比例认缴出资。但是，全体股东约定不按照出资比例分取红利或者不按照出资比例优先认缴出资的除外。”明确了股东分红和认缴新出资的依据。
第三十八条规定“股东会行使下列职权：对前款所列事项股东以书面形式一致表示同意的，可以不召开股东会会议，直接作出决定，并由全体股东在决定文件上签名、盖章。”对股东表决形式的改革，为股东行使权利提供了新的形式，更有利于提高效率，方便股东对该项权利的行使。
提起临时股东会的权利。第四十条规定“股东会会议分为定期会议和临时会议。
自行召集和主持股东会的权利。第四十一条规定“董事会或者执行董事不能履行或者不履行召集股东会会议职责的，由监事会或者不设监事会的公司的监事召集和主持；监事会或者监事不召集和主持的，代表十分之一以上表决权的股东可以自行召集和主持。”
一人公司的设立。第五十八条规定“一人有限责任公司的设立和组织机构，适用本节规定；本节没有规定的，适用本章第一节、第二节的规定。
股东转让股权。第七十二条规定“有限责任公司的股东之间可以相互转让其全部或者部分股权。
法院的通知义务。第七十三条规定“人民法院依照法律规定的强制执行程序转让股东的股权时，应当通知公司及全体股东，其他股东在同等条件下有优先购买权。其他股东自人民法院通知之日起满二十日不行使优先购买权的，视为放弃优先购买权。”本规定从确立法院的义务来保障股东的优先够买权。
退出权。第七十五条规定“有下列情形之一的，对股东会该项决议投反对票的股东可以请求公司按照合理的价格收购其股权：
公司连续五年不向股东分配利润，而公司该五年连续盈利，并且符合本法规定的分配利润条件的；
公司合并、分立、转让主要财产的；
公司章程规定的营业期限届满或者章程规定的其他解散事由出现，股东会会议通过决议修改章程使公司存续的。
股权继承权。第七十六条规定“自然人股东死亡后，其合法继承人可以继承股东资格；但是，公司章程另有规定的除外。”明文规定了股权可以继承。
提案权。第一百零三条规定“单独或者合计持有公司百分之三以上股份的股东，可以在股东大会召开十日前提出临时提案并书面提交董事会；董事会应当在收到提案后二日内通知其他股东，并将该临时提案提交股东大会审议。临时提案的内容应当属于股东大会职权范围，并有明确议题和具体决议事项。”赋予了中小股东在股东大会上发表自己意见的权利，使其更受关注。
有关重大事项的表决权。第一百零五条规定“本法和公司章程规定公司转让、受让重大资产或者对外提供担保等事项必须经股东大会作出决议的，董事会应当及时召集股东大会会议，由股东大会就上述事项进行表决。”这项规定完善恶劣公司治理和规范了公司运营，进一步明确了股东在重大事项上的决策权。
累计投票制。第一百零六条规定“股东大会选举董事、监事，可以依照公司章程的规定或者股东大会的决议，实行累积投票制。”这是一种更为科学的投票制度，有利于中小股东参与到公司治理中，维护自身利益。
股东质询权。第一百五十一条规定“股东会或者股东大会要求董事、监事、高级管理人员列席会议的，董事、监事、高级管理人员应当列席并接受股东的质询。”明确规定了股东享有质询权，从而更好的保障股东行使知情权，从而加强对公司董事、监事、高级管理人员的监督。
请求起诉权和股东代位诉讼权。第一百五十二条规定“董事、高级管理人员有本法第一百五十条规定的情形的，有限责任公司的股东、股份有限公司连续一百八十日以上单独或者合计持有公司百分之一以上股份的股东，可以书面请求监事会或者不设监事会的有限责任公司的监事向人民法院提起诉讼；监事有本法第一百五十条规定的情形的，前述股东可以书面请求董事会或者不设董事会的有限责任公司的执行董事向人民法院提起诉讼。
请求解散权。第一百八十三条规定“公司经营管理发生严重困难，继续存续会使股东利益受到重大损失，通过其他途径不能解决的，持有公司全部股东表决权百分之十以上的股东，可以请求人民法院解散公司。”让股东，尤其是中小股东有权决定公司退出市场，增强了中小股东的决策权。