化学起源于炼金术，而寻找点金石和金丹以求获得黄金，导致了最初的化学实验。从古希腊人的模糊思辨到穆斯林学者的具体实验，是阿巴斯时代的伊斯兰世界在化学领域的重大进步。曾被誉为“阿拉伯化学之父”的贾比尔·哈彦(720～815年)，早年师从什叶派第六代伊玛目贾法尔·萨迪克，后任巴格达哈里发的宫廷御医。贾比尔·哈彦认为，从宇宙灵魂到天地万物乃是流溢生成的过程，相互之间存在着和谐与统一。基于上述理论，贾比尔·哈彦认为，所有的金属皆为硫与汞相结合的产物，不同的金属可以通过特定的媒介实现相互的转化，金属的贵贱之分取决于硫与汞的含量差异，铁、铜、铅等可以通过汞作为媒介转化为黄金。在实验方面，贾比尔·哈彦论证了燃烧和还原两种基本的化学过程，改进了蒸馏、过滤、结晶、熔化、升华等实验手段，制成硫酸、硝酸、氧化汞、硫化汞、氢氧化钠等化合物。贾比尔·哈彦修正了亚里士多德关于金属由火、土、水、空气4种要素构成的学说，一度震动欧洲学界，直至18世纪方被近代化学理论取代。
在阿拉伯，炼金术不仅仅是现代人所理解的化学，还有其更深层次的含义。阿拉伯人认为炼金术与苏非神秘主义有着密切的关系，而苏非教团所采用的精神心理疗法，与炼金术也有密切关系，这种疗法将炼金术视为一种关于灵魂的科学。除此之外，炼金术与阿拉伯艺术的关系也非同一般，它是联合伊斯兰艺术的工艺技术与宗教精神和象征意义的桥梁，也是理解伊斯兰艺术内韵的一把钥匙。
人类起源于何处，是从外星球移民而来？还是化学元素组合而成？