购进农产品的进项税额计算方式如下：
1、从一般纳税人手中采购农产品，取得9%税率的增值税专用发票，可以凭票抵扣，即直接认证抵扣，也可以选择计算抵扣，计算方式为准予抵扣的进项税额=不含税金额*扣除率；
2、进口农产品，取得海关进口增值税专用缴款书，企业进口农产品，取得海关进口增值税专用缴款书，按照增值税专用缴款书上注明的税额抵扣增值税；
3、企业从小规模纳税取得自行开具或代开的3%征收率的增值税专用发票，直接对外销售农产品，按照发票上的金额（不含税）和9%的扣除率计算抵扣增值税；如果纳税人购进农产品用于生产或委托加工13%税率的货物，可以按照10%的扣除率计算进项税额，计算方式为准予抵扣的进项税额=不含税金额*9%（或10%）=含税金额/（1+3%）*9%（或10%）；
4、纳税人取得的是免税普通发票，具体能够计算抵扣，要看销售方销售的农产品是否为自产农产，如果是销售方企业自产免税农产品，销售方企业虽享受了免税，采购方企业同样可以计算抵扣，按照发票注明的买家和9%的扣除率计算准予抵扣的进项税，如果纳税人采购农产品用于生产或委托加工13%税率的货物，按照10%的抵扣率计算，计算方式为即准予抵扣进项税额=买价*9%（10%）；
5、如果纳税人采用农产品用于生产或委托加工13%税率的货物，按照10%的抵扣率计算，其他按照9%的抵扣率计算，计算方式为准予抵扣的进项税额=买价*9%（10%）。
《农产品增值税进项税额核定扣除试点实施办法》
第三条 试点纳税人购进农产品不再凭增值税扣税凭证抵扣增值税进项税额，购进除农产品以外的货物、应税劳务和应税服务，增值税进项税额仍按现行有关规定抵扣。