1、主干课程不同：
（1）自动化专业的主干课程：电路、信号与系统、PLC编程应用、模拟电子技术、数字电子技术、自动控制原理、现代控制理论、微机原理及应用、软件技术基础、电机与拖动；
电力电子技术、计算机控制技术、系统仿真、计算机网络、运动控制、过程控制、单片机与嵌入式系统原理、计算机辅助设计、专业英语、智能控制，C语言程序设计，C++语言。
（2）电气工程及其自动化的主干课程：电路原理、电子技术基础、计算机原理及应用、计算机软件基础、控制理论、电机与拖动、电力电子技术、信号分析与处理、电力拖动控制系统、工业过程控制与自动化仪表等。高年级可根据社会需要设置柔性的专业方向模块课及选修课。
2、培养目标不同：
（1）自动化专业的培养目标：该专业培养德、智、体全面发展，具有扎实的自然科学基础，具有良好的计算机、外语、经济、管理等方面的应用基础；具备电工电子技术、控制理论、自动检测与仪表、信息处理、系统工程、计算机技术与应用等专业知识高素质应用型专门人才。
（2）电气工程及其自动化的培养目标：本专业培养在工业与电气工程有关的运动控制、工业过程控制、电气工程、电力电子技术、检测与自动化仪表、电子与计算机技术等领域从事工程设计、系统分析、系统运行、研制开发、经济管理等方面的高级工程技术人才。
3、培养要求不同：
（1）自动化专业的培养要求：该专业学生主要学习电工技术、电子技术、控制理论、自动检测与仪表、信息处理、系统工程、计算机技术与应用和网络技术等较宽广领域的工程技术基础和一定的专业知识，具有自动化系统分析、设计、开发与研究的基本能力，综合素质高，具有坚实理论基础和创新能力。
（2）电气工程及其自动化的培养要求：本专业学生主要学习电工技术、电子技术、信息控制、计算机技术、电气工程及自动化技术等方面较宽广的工程技术基础和一定的专业知识；
使学生受到电工电子、信息控制及计算机技术方面的基本训练，以及电气工程及自动化领域的专业训练，具有解决电气工程技术与控制技术问题的基本能力。
自动控制包括电气工程及其自动化、自动化。是一个科目的总称。
扩展资料
电气工程及其自动化涉及电力电子技术，计算机技术，电机电器技术，信息与网络控制技术，机电一体化技术等诸多领域，是一门综合性较强的学科。
其主要特点是强弱电结合，机电结合，软硬件结合，电工技术与电子技术相结合，元件与系统相结合，使学生获得电工电子、系统控制、电气控制、电力系统自动化、电气自动化装置及计算机应用技术等领域的基本技能。
电气工程及其自动化专业开设学校很多有500多所，排名靠前的学校有清华、浙大、华中科技、西交、天大、哈工大、华南理工、东南大学、上交、武大、重大等综合实力最强的几所大学，还有电力系统内的华北电力、东北电力、上海电力，专业实力也都很强。
电气工程及自动化专业要掌握电工、电子、信息技术、计算机等，所以对学生的物理与数学同的要求较高。每年有6万多毕业生，就业有的偏向于电力系统，有的偏向于交通铁路部门，有的偏重于自动化。就业比较稳定，男生比例较大。
参考资料来源：百度百科-自动化专业
参考资料来源：百度百科-电气工程与自动化专业
参考资料来源：百度百科-电气工程及其自动化