尖锐湿疣由HPV感染引起，该病复发的原因很多，主要有一下几种：
1、HPV亚临床感染和潜伏感染：前者是指临床不已辨认的皮损，需要借助醋酸白等辅助手段才可能观察到，其组织学和细胞学都有典型HPV感染的改变;后者是指HPV感染皮肤后不引起任何临床症状，醋酸白实验(-)，细胞学和组织学检查都正常，但通过PCR等方法可以检测到病毒的感染。这两种感染常规治疗很难被彻底清除，在机体免疫力下降等条件下会发展成为肉眼可见皮损，是复发的主要原因。
2、机体免疫力低下。
3、病毒载量：荧光定量PCR检测发现，复发的尖锐湿疣患者感染局部病毒复制量较高。
4、伴发其它性传播疾病。
5、再次的感染接触：再次的高危性行为和与未经治疗的感染性伴接触也可以引起复发。
6、男性包皮过长。
7、心理因素：绝大多数患者可有抑郁焦虑等心理障碍，患者的不良情绪可引起机体细胞免疫功能下降，使病毒复制增加。部分患者采取不正确的过度清洁手段，反而导致局部皮肤黏膜屏障的破坏，容易引起复发。