》第1个，没有底层的逻辑内核与完整的逻辑构架。这就导致了一个问题，没有办法进行推理，没有办法给出结论。
进化论不会告诉我们，在森林中的猴子，将来会变成什么样！所以我们没有办法验证他的结论！进化论所做的，是发现了一系列物种渐变的外形，然后做了一个说明和事后的解释。
如果进化论是一个科学的话，应该做这样一件事：只要给一个脊椎动物的生理构架，就可以在一定的条件下给出所有的生命形态。
实际上这一点根本就做不到。所有生命进化的证据都是先发现了现象，再去找理由。科学理论是证伪的，不给结论，没法证伪！
诸如广义相对论这样的科学理论，可以提出可供验证的结论！比如说引力波，引力红移等现象，经典力学都没有提出，广义相对论是全新提出，然后被实验所验证。
》第2，没办法从基因层次上解释变异的原因以及变异被固定下来的过程。
现在我们，知道生物之所以长的如此千差万别，完全是由细胞里那个小小的基因所决定的。生物体形态突变，是由于基因的突变造成的。但实际上，人们的观察研究中发现随机基因突变是有害的。
一个种群的延续，是群体变化的结果。基因突变是单个行为，进化论分析的都是单个个体的行为，一个物种种群的延续，是群体变化的结果。演变是怎样从个体到群体之间相互对应的，进化论没有作出说明。
狗是由狼变化来的，狗的所有形态都是基因突变人为选择的结果。但是所有的狗在野外都干不过狼 。这说明在生物进化中随机产生的突变对于其生存是有害的，所以自然界中的狼只有一种形态。这充分说明了一个问题，基因突变加自然选择是不会造成物种进化的。
》第3，海底热泉附近，高温环境下的生命，是进化论的大难题。
海底火山，喷泉处的水的温度已经处于超临界，可以达到400~500度。如果在陆地上还能找到生命进化中的所谓“中间态”。在这种极端的环境下，根本就找不到中间态。海底只有两种生物：生活在冷水里的，生活在高温超临界水里的，没有生活在中间温度的生物。而且更大的问题是，在全球大洋底的海底热泉，在其附近生活的物种的生命形态几乎都一模一样。这些热泉只是一个一个的点状分布，中间隔着上百上千公里的冰冷海水，然而这些热泉附近的生命形态，简直就是高度同步，仿佛有人从一个热泉那里捉了很多物种，然后放到其他的点。
》第4，进化论的支持者选择性的无视那些特例，但是研究特例才是科学的本质！
正是因为光速不变性的发现，与经典牛顿力学描述的现象不一致，才导致狭义相对论被发现！对黑体辐射、光电效应的研究，才引发量子力学的革命。而水星绕日点进动理论值与观测值不相符合，推动了广义相对论用空间弯曲代替物体之间的相互吸引。
进化论只是发现了物种演变上的某些渐变现象，给了一个解释，算不上科学。而且从目前看来，进化论的支持者，既没有意愿，也没有能力把进化论变成科学。
突变和选择都存在，但这不是物种演进的原因！物种是演进，不是进化！这种变化，有更加深层次，更加复杂的本质和原因。