根据上述职责，市卫生局设12个内设机构：
（一）办公室。
组织综合性政策调研，拟订卫生重大政策；负责综合协调、督办督查、会议组织、文电管理、综合信访、卫生信息、档案管理、安全保卫、史志编撰、政务公开、后勤事务管理工作。
（二）人事科。
拟订全市卫生人才发展规划并组织实施；负责机关、直属单位机构编制、人事管理、社会保险工作；参与有关部门实施卫生系列高级专业技术职务推荐评审；组织卫生专业技术人员专业知识能力考试；负责医师资格认定管理工作；组织开展卫生系统管理干部相关培训；承担卫生系统全市性表彰工作；管理卫生系统业务目标工作。
（三）规划财务审计科。
拟订全市卫生事业中长期发展规划和专项建设规划，指导区域卫生规划工作；统筹规划与协调全市卫生资源配置；协调有关部门拟订卫生事业发展的经济政策和财务管理方面的规章制度并监督执行；拟订全市卫生系统基本建设年度计划并组织实施；负责全市医疗技术信息工作；负责大型医用设备配置管理，管理全市药品、医疗器械、医用耗材的集中招标采购工作；提出卫生服务、药品价格、基本医疗保险费用等政策建议，监督卫生服务价格；负责机关及直属事业单位部门预算、医疗卫生资金、基建投资和专项资金的管理及经费报账工作；监督管理机关和直属事业单位国有资产；负责卫生系统内部审计工作。
（四）法规与卫生执法监督科。
拟订卫生法制建设规划，起草地方性法规、规章草案；组织拟订卫生政策和标准；负责卫生听证、行政应诉工作；负责市卫生局有关规范性文件的合法性审核工作；承担卫生法制宣传教育工作；负责职业卫生、放射卫生、学校卫生、保健用品和生活饮用水及涉水卫生安全产品等监督管理工作；负责卫生监督队伍综合协调工作，组织开展卫生监督员培训；指导规范卫生行政执法工作，组织查处违法行为，整顿和规范医疗服务市场;督办重大医疗卫生违法案件查处工作。
（五）市突发公共卫生事件应急指挥中心办公室（食品安全综合协调科与其合署）。
负责指导协调全市卫生应急工作；拟订卫生应急和紧急医学救援规划、制度预案和措施；指导和组织开展突发公共卫生事件的预防准备、监测预警、处置救援、分析评估等卫生应急活动；建立与完善卫生应急信息和指挥系统；组织开展卫生应急科学研究和应急知识教育。
参与起草市政府食品安全监管规范性文件草案，拟订食品安全地方标准、食品生产经营企业的卫生条件和卫生规范、食品安全检验机构资质认定条件和检验规范；依法组织开展对食品安全重大事故的查处工作；承担食品安全监测、风险评估和预警工作；负责重大食品安全信息的管理。
（六）疾病预防控制科（保健科与其合署）。
拟订全市重大疾病防治规划、免疫规划和严重危害人民健康的公共卫生问题的干预措施并组织实施；完善重大疾病防控体系，预防和控制疾病的发生和疫情的蔓延；依法管理传染病、地方病和慢性病的防治工作，开展疾病常规监测和预警监测；管理法定传染病疫情信息；承担市防治艾滋病委员会办公室、市地方病防治领导小组办公室、市计划免疫协调领导小组办公室的日常工作;负责健康教育与健康促进工作。
负责市委保健委员会确定的保健对象的医疗保健和预防保健工作；负责在我市召开的国际性、国家、省和市重要会议、重大活动的医疗保健工作；承担党和国家领导人、高级内外宾来大庆医疗保健和卫生防疫工作；指导检查干部门诊、病房医疗保健工作；负责市委保健委员会的日常工作。
（七）妇幼保健与社区卫生科（农村卫生管理科与其合署）。
负责妇幼卫生、社区卫生工作，拟订有关政策、规划并组织实施；依法对妇幼保健和生殖健康专项技术、卫生系统计划生育技术服务实施监督管理；牵头组织预防和减少出生缺陷与先天残疾工作；负责母婴保健技术服务执业许可;负责妇幼保健机构等级评审和出生医学证明的管理；负责制定妇幼保健、社区卫生机构建设、人员岗位、技术服务和信息规范并组织实施；拟订社区卫生服务体系建设规划并指导实施；制定社区公共卫生服务项目考核标准，组织开展社区卫生服务机构标准化建设。
拟订全市农村卫生事业发展规划，指导农村卫生基础设施建设与管理；拟订农村基本卫生保健规划并组织实施；负责新型农村合作医疗的综合管理工作；组织拟订新型农村合作医疗制度政策并组织实施；参与规划并指导农村卫生服务体系建设；指导实施农村初级卫生保健、农村卫生人才培养、卫生支农等工作；指导乡村医生执业注册与相关管理工作。
（八）医政科（医疗服务监管科与其合署）。
负责对医疗机构分级管理评审；负责对医疗机构执业许可证的审定、发证及校验工作；负责医师执业资格考试和执业注册、护士执业考试报名资格预审及执业注册和外籍医师在华短期执业注册；审核医疗广告内容；监管新药临床试验和临床药品不良反应；协助有关部门对重大人员伤亡事件组织紧急救护；负责麻醉药品、一类精神药品购置审批工作。
负责医疗机构医疗服务的监管工作。监督医疗机构的医疗质量和服务质量；依法监督管理医疗机构、血站采供血及临床用血质量；负责医疗事故技术鉴定委托及处理工作；承担推进公立医院管理体制改革工作。
（九）药物政策与基本药物制度科。
拟订全市国家药品储备制度；贯彻执行国家和省基本药物制度，组织和监督医疗卫生机构实施药品法典和国家基本药物目录；负责医务人员使用基本药物培训；分析基本药物制度实施后产生的影响，提出应对方案。
（十）科技教育科。
拟订全市医学科技、医学教育发展规划并组织实施；组织督导医学科研项目的实施；指导医学科技成果推广应用和科学知识普及工作；组织指导卫生技术人员岗位培训工作；组织开展继续医学教育、毕业后医学教育工作；承担医药卫生实验室生物安全管理工作；承担卫生信息化建设工作。
（十一）中医科。
负责组织实施国家、省在医疗保障制度、区域卫生规划、社区卫生服务、农村合作医疗等总体部署中中医行业承担的任务；拟订中医工作发展规划并组织实施；负责中医、中西医、民族医医疗机构的设置、审批、校验、等级评审和监督管理；指导医疗机构中的中医工作；负责中医从业人员执业资格考核、水平能力考试和培训；负责中医医疗纠纷的调解和处理工作；负责中医医疗广告的初审和监督管理。
（十二）市爱国卫生运动委员会办公室。
拟订全市爱国卫生工作规划并组织实施；组织开展爱国卫生各项工作，依据标准、方案进行监督检查和考核评价；提出工作目标，组织协调市爱国卫生运动委员会各成员单位工作。
党委办公室。按党章规定设置。负责卫生系统所属单位的班子建设、基层组织建设、精神文明建设、卫生文化建设、思想政治工作、统战、老干部管理、妇女、工会和共青团工作；协助市委组织部考核管理所属单位领导班子，管理市直医院组织、人事、纪检、监察、劳资、财务、审计、医务、护理、科教等十个岗位的正科级干部 及副处级单位的党政班子副职干部 ，管理机关及所属单位的科级干部；负责所属单位党组织换届选举工作（副处级以上党组织的建立、换届的人事安排意见须报市委审批）；完成卫生系统党委（党组）交办的其他工作。
纪检监察室。按纪检监察规定设置。贯彻执行党和国家关于纪检、监察工作的方针、政策和规定，管理卫生系统党风廉政建设工作。制定党风廉政建设规划并实施；检查处理违反党纪案件，申报需要党委和上级纪委批准的案件；负责卫生系统行风建设工作，检查医务人员职业道德规范执行情况；受理个人和单位对监察对象的检举控告，受理监察对象不服党纪、政纪处分的申诉；负责卫生系统的执法监察和效能监察，开展惩防体系建设及源头治腐专项工作；对卫生系统重点项目及重大事项进行纪律监督；负责监督全市医疗卫生单位药品收支两条线、药品集中招标采购、大中型医疗器械集中招标采购工作 。
