1、性质不同。非农业户口是计划经济时代下的产物，是区别于农业户口而言的，指靠国家分配口粮的城市户口居民。
集体户口是暂时还不具备单独立户条件，或者暂时还没有办理单独立户手续的居民，其户籍关系挂靠在某一个集体户头上的居民户口。
2、主体不同。集体户口的户主是单位，地址是单位所在地，只是在你还是单位员工的基础上才有效，一旦解除合同就需要户口迁移。
非农业户口居民如果具有固定的住所，就可以单独立户，户主是个人，地址是个人的房屋居住地址。
3、享受的待遇不同。集体户口不可以个人自己交纳社保，非农业居民户口可以个人交纳社保。
孩子入学的时候如果家长是集体户口的，那孩子不享受该地区的义务教育，不算学籍。非农业居民户口的孩子可以享受该地区的义务教育，孩子享有学籍。
扩展资料：
1、集体户口是"双重"管理的"户籍"。例如:"学生宿舍"、"工厂集体宿舍"等，是由单位和派出所共同管理的。
集体户口是指暂时还不具备单独立户条件，或者暂时还没有办理单独立户手续的居民，其户籍关系挂靠在某一个集体户头上的居民户口。单独立户必须具有固定的住所。
如果到外地的单位工作，各地城市为了方便管理外籍人口而专门设置集体户口，则是介于本地居民和外地人之间的户口。
2、集体户口分为三大类：
一是高考放榜后，录取你的高校会要求你把户口迁过去，这就是学校的集体户口；
二是毕业后，如果做公务员或在事业单位上班，户口就直接迁移到用人单位，这是单位的集体户口；
三是如果在非政府单位上班，那么就要把户口挂靠到人才服务中心，这是人才服务中心集体户口。
3、非农业户口是计划经济时代，将户口划分为了农业户口和非农户口两种类型，农业户口指的是靠自己生产口粮的居民，非农业户口则是指靠国家分配口粮的城市户口居民。
2014年7月30日，《国务院关于进一步推进户籍制度改革的意见》正式发布。《意见》要求，取消农业户口与非农业户口性质区分和由此衍生的蓝印户口等户口类型，统一登记为居民户口。
《意见》称，全面放开建制镇和小城市落户限制，有序放开中等城市落户限制，合理确定大城市落户条件，严格控制特大城市人口规模。
参考资料：
2、而“非农业户口”是二“元”制户口登记期的户口性质的一种分类：
(1)，按户粮关系分：农业户口、非农户口；
(2)，非农户口包括：城镇居民户口、农村居民户口、集体户口等；
(3)，户口同时分为集体户口、家庭户口、军籍户口；
(4)，还可以分为常住户口和暂住户口。
3、目前很多地区已经建立城乡统一的户口登记制度，取 消农业户口与非农业户口性质区分和由此衍生的蓝印户口等户口类型，统一登记为居民户口。
《国务院关于进一步推进户籍制度改革的意见》（国发〔2014〕25号）：
三、创新人口管理：
（九）建立城乡统一的户口登记制度。取 消农业户口与非农业户口性质区分和由此衍生的蓝印户口等户口类型，统一登记为居民户口，体现户籍制度的人口登记管理功能。建立与统一城乡户口登记制度相适应的教育、卫生计生、就业、社保、住房、土地及人口统计制度。